サラリーマン、三上悟は通り魔に刺されて死んだ。暗闇の中で意識が戻ると三上はなんとスライムになっていた！ 何もすることがないので薬草と鉱石を食べて暇を潰すスライム三上。そのうち、300年前にこの地で勇者によって、スキル“無限牢獄”で封じられた暴風竜ヴェルドラと遭遇してしまう。最初は怯えていたものの、話していくうちにスライム三上は、ずっとひとりぼっちのヴェルドラと友達になってしまう。 スライム三上はヴェルドラから自分が、この世界でも珍しい＜転生者＞であることを聞く。

スライム三上は暴風竜と友達になり、互いに名前を送り合う。かくしてスライム三上はリムルと名乗ることになった。 リムルはヴェルドラを封印から解放しようと試みるが、それは周辺諸国に大きな衝撃を与えることになる。

洞窟を出たリムルが出会ったのは、 牙狼族 の襲撃に追い詰められた ゴブリン たちだった。なりゆきでゴブリンの村を助けることになるリムル。その夜、牙狼族がゴブリンの村を再び襲撃する。しかし、リムルの スキル を生かした作戦が功を奏し牙狼族が次々と倒れていく。ボスをやられ、リムルの圧倒的な力に屈した牙狼族は、リムルの配下になることを誓う。リムルは自らを慕うゴブリンと牙狼族に 名前をつけ 、ゴブリンは ホブゴブリン と ゴブリナ 、牙狼族は 嵐牙狼族(テンペストウルフ) へと進化する。

リムルたちは、 ゴブリン と 嵐牙狼族(テンペストウルフ) の衣食住を支える技術者を求めて ドワーフ の王国・ 武装国家ドワルゴン を訪れる。ところが、入国の際の事件でリムルたちは牢獄に繋がれてしまう。獄中での機転がプラスに働きなんとか牢を出ることができたリムルたちは、警備隊長のカイドウに、腕のいい鍛冶屋としてカイジンを紹介される。しかしカイジンは難題に頭を悩ませていた。魔鋼を使った ロングソード 20本をあと5日で王に届けなくてはいけないという。

リムルの スキル のおかげで無事に ロングソード を王に届けることができたカイジン。ふたりは祝杯をあげに エルフ の店へと繰り出す。そこで始まった余興の水晶玉占い。リムルの運命の人が占われると、そこには日本人らしい女性の姿が映し出される。彼女は一体……。そこへカイジンに難題を課した大臣のベスターが現れる。リムルをバカにしたベスターにカイジンは手を上げてしまう。この争いは 武装国家ドワルゴン の王ガゼルの御前で行う裁判に持ち込まれることになってしまった。

武装国家ドワルゴンから超一流の鍛冶屋カイジンとその弟子たちが加わり、近隣のゴブリンも合流してますます賑やかになる村。そんなある日、リムルは自由組合（ギルド）の冒険者、カバル、エレン、ギドと遭遇する。そこにはパーティーの臨時メンバーとして、仮面の人物、シズもいた。このシズこそ、リムルが占いで見せられた“運命の人”だった。シズはリムルと同じ日本からこの世界に呼び出された召喚者。リムルはスキル思念伝達で、シズに故郷・日本の現在の風景を見せる。

シズは夢を見ていた。彼女を空襲に燃える東京から召喚した魔王レオン・クロムウェル。彼によって上位精霊イフリートを憑依させられたことによる悲劇と絶望。シズはかつて爆炎の支配者と讃えられた伝説の英雄として知られていた。だが今、イフリートが暴走を始め、シズの体は乗っ取られてしまう。物理攻撃を受け付けないイフリート。そこに単身挑むリムル。イフリートの炎化爆獄陣（フレアサークル）がリムルをとらえ、巨大な炎が巻き上がる。

魔王レオンのもとにいたシズを救い出したのはある勇者だった。その勇者のことを胸に、長い間、人々を救うために働いてきたシズ。イングラシア王国では、異世界から来た子供たちの指導者も務めた。そしてシズは今、最期の時を迎えようとしていた。リムルに最期の願いを伝える。「私を――、君の中で眠らせて……」。願いを受け入れ、スキル捕食者を発動するリムル。そしてリムルは、シズによく似た人間の姿を手に入れることになった。

ムルたちの村の開発は着々と進んでいた。カイジンたちがさまざまな道具や住居を建設し、ゴブリン・キングに任命されたリグルドのもとゴブリン・ロードが村を治める。順調に進む村の様子を見ながらリムルは、シズから受け継いだスキルを試しに、ひとり洞窟へと向かった。そこにランガから思念伝達で救援要請が入る。リムルが駆けつけると、そこには6人の大鬼族（オーガ）がいた。大鬼族（オーガ）のひとりがリムルに告げる「正体を現せ、邪悪な魔人め」。ジュラの大森林になにが起きているのか。

６人の大鬼族（オーガ）たちは、豚頭族（オーク）の軍勢に襲われた生き残りだった。豚頭族（オーク）たちは身鋼鎧（プレートメール）で武装し、道化の仮面をつけた謎の魔人者も同道していたという。リムルは大鬼族（オーガ）たちに自分の部下にならないかと持ちかける。「豚頭族（オーク）の首魁を倒すまで」という条件で受け入れる大鬼族（オーガ）。そこでリムルは６人に名前を授ける。その頃、豚頭族（オーク）の軍勢は、シス湖周辺の湿地を領地とする蜥蜴人族（リザードマン）に対し侵攻を始めていた。蜥蜴人族（リザードマン）首領は息子ガビルにあることを命じる。

暴風大妖渦（カリュブディス）の一件で、獅子王（ビーストマスター）の異名を持つ魔王カリオンに貸しができたリムルは、正式にカリオンの治める「獣王国ユーラザニア」と国交を結ぶべく、ベニマルを代表とした使節団を送ることになった。入れ替わりに、ユーラザニアから派遣された使節団を迎え入れる予定だったが、そこは武闘派の獣王国……三獣士の一人、スフィアのリムルを見下す様な発言にシオンは激怒。友好関係を築くはずが、意図せず戦闘が勃発してしまう。

一悶着あったものの、互いを「友誼を結ぶに足る存在」と認め合い、本格的にユーラザニアとの国交がスタートした。魔国連邦（テンペスト）からは工業技術を、ユーラザニアからは農業技術を交換。二つの国の技術が合わさり醸造された、上質な蒸留酒を手土産に、今度は武装国家ドワルゴンとの友好宣言に赴く。同行するのはシュナとシオン。さらにカイジンらドワーフたちも、国賓という形で里帰り。

武装国家ドワルゴンとの二国間友好宣言。前日にシオンが泥酔してしまうというハプニングもあったが、式典当日にはビシッと……演説したつもりのリムルだった。しかし、ガゼル王からはダメ出しの嵐。己の未熟さに反省しつつも、夜にはかつてゴブタと約束した「夜の蝶」へパーッと呑みに行くことに。そこでリムルは、改めてガゼル王の助言の重さを知る。一方そのころ、テンペストに向かおうとしていたヨウムに新たな出会いが訪れていた。

テンペストではリムルの帰還を目前に控え、宴の準備が進められていた。そこにやってきたのが魔王クレイマンの尖兵としてテンペストを調査するべく送り込まれた、魔人ミュウラン。ヨウムの一行に軍事顧問という形で同行し、テンペストに入り込むとその国力に驚きつつも、住人たちとの交流を深めていく。その頃、テンペストを目障りに思うファルムス王国のエドマリス王は、西方聖教会と結託し、テンペストへの侵攻を企てていた。

クレイマンに指示されたミュウランは、彼女を想うヨウムとグルーシスの言葉を振り切り、魔法不能領域（アンチマジックエリア）を発動させた。同時に、最悪のタイミングでレイヒムの四方印封魔結界（プリズンフィールド）も発動される。これにより満足に動けなくなったシオン達は、三人の異世界人に劣勢を強いられてしまう。いまだテンペストに還らないリムルに連絡を試みるベニマルだが、今はその声さえも届かない。

テンペストが攻撃されていたのと同時に、リムルもまた攻撃を受けていた。相手をひと目見たリムルは、彼女こそがシズのもうひとりの教え子であり、異世界人でもある、最強の聖騎士（ホーリーナイト）――ヒナタだと悟る。聖浄化結界（ホーリーフィールド）の影響でほとんどの魔法を封じられたリムルは、ジリジリと追い詰められていく。同時に、同じ原理の結界によって魔力を封じられたシオン、ハクロウもまた、ショウゴとキョウヤの攻撃に追い詰められていく。

ヒナタとの戦闘で絶体絶命の窮地に立ったが、分身体を身代わりに間一髪逃れ、急いでテンペストに帰還したリムル。そこで目にしたのは、悲壮な血と煙に包まれるテンペストの惨状だった。その惨劇をもたらした第一容疑者としてミュウランを捕らえようとするベニマル、それを身を挺して庇うヨウムとグルーシス。怒りと悲しみを飲み込んで、本当に対処すべき敵を見定めるリムルは、冷静にミュウランを尋問する。

クレイマン、そしてファルムス王国の企みを知るリムル。だが、どんなに願っても失われた仲間の命と温かな日常は戻らない。諦めかけたリムルに、エレンは「希望になりうるおとぎ話」を打ち明ける。確率はおよそ３％……リムルが１万人の人間をヨウブンに魔王となることで、仲間を蘇生できるかもしれないというものだった。ファルムス２万の軍勢がテンペストに接近する中、リムルは希望をつかむために、魔王となる決意をする。

「俺は魔王になろうと思う」――自らの甘さにケジメを付け、シオンやゴブゾウたちを蘇生させるため、決戦を前にリムルは自分が人間であったことを打ち明けた。しかし仲間たちはそれが当たり前のことであるようにリムルを受け入れる。そんな温かな環境のありがたさを改めて噛みしめ、リムルはファルムスの軍勢へと焦点を当てる。敵の四方印封魔結界（プリズンフィールド）を発生させている装置の破壊はベニマル達に任せ、リムルは魔王への進化の糧として本隊を叩く。

雪辱戦の口火がきられた。ベニマル達が各々の任務を遂行していく中、ショウゴ、キョウヤが再度立ち塞がる。しかし蓋を開けてみればハクロウとキョウヤの太刀合いは、まさに「目に物を見せる」結果となり、ゲルドは他人の痛みを知らぬショウゴに、一生分以上の痛みを教え、敵を圧倒する。ラーゼンの助けによって命からがら逃げ延びたショウゴだったがラーゼンに肉体を奪われる羽目に。その頃、ファルムス軍本隊と相対するリムルは、「誰一人逃さない」と、彼らに等しく死の雨を降らせるのだった。

クレイマンとの戦いに勝利し、名実ともに魔王となったリムルは、八星魔王（オクタグラム）の一柱（ひとり）として、引き続き魔王達の宴（ワルプルギス）に参加していた。その後、最古の魔王の一柱（ひとり）ギイ主催の食事会で他の魔王達と共に過ごし、仲間たちが待つテンペストへと帰還した。喜ぶテンペストの住人達の中に、ファルムス王国攻略を任せているはずのディアブロの姿が。聞けばかなり一方的な講和条約を突きつけてきたという。悪魔的な計略の全貌とは？

影で暗躍するユウキとラプラスらは仲間の魔王クレイマンを失い、悲しみに沈んでいた。自らの計略の変更も強いられたユウキは、リムルに仕返しをするべく新たな一手を案じる。一方、神聖法皇国ルベリオスの法皇・ルイもまた、ラプラスによって殺された双子の弟・ロイの死への対応を、聖騎士団長ヒナタと共に検討していた。そこに二人の主である魔王ルミナスが魔王達の宴（ワルプルギス）から帰還し、勢力を増すリムルへの対応を協議する。

魔王達の宴（ワルプルギス）を経て、リムルの支配領域はジュラの森全域に広がった。これにより交流がなかった種族からリムルへの挨拶が殺到することが予想された。また街道整備を検討する中で、道の延長先に天狗族が支配する山があると知り、リムルはベニマルを使者に立てる。国交案件が重なる中、リムルは外交と新規住民獲得のため開国祭の開催を思いつく。

開国祭の開催を前に、課題となっているのが魔物の発生だった。ヴェルドラをはじめ、テンペストには強い魔物・魔人たちが集結している。それにより魔素濃度が高まり、周辺に強い魔物が生まれていると、リムルは報告を受ける。そんな中、ベスターとカイジンが対魔結界を発動できる機器の試作品を披露。これで街道に設置することで安全の確保が可能となった。一方、部下の扱いに悩むゲルドに、リムルは新しい任務を与える。

神聖法皇国ルベリオスではヒナタを頂点とした２大組織・西方聖教会所属聖騎士団（クルセイダーズ）と法皇直属近衛師団（ルークジーニアス）による両翼合同会議が行われていた。団員同士が反目しあう中、ヒナタは神ルミナスの「リムルに手出し無用」という信託は絶対としつつ、リムルに穏便な対話を試み、かつての自身による襲撃について謝罪も辞さないと表明する。そこに、リムルからのメッセージが届く。それはヒナタとの一騎打ちを煽る挑発的なものだった。

「レイヒム大司教が悪魔族（デーモン）の謀略によって殺害された」という嘘の伝聞が広まり、各国の神殿騎士団（テンプルナイツ）がファルムス王国に集う。その数およそ３万。ヨウムの兵と、リムルからの援軍を合わせても心もとない。ファルムス攻略が危うくなる中、ディアブロは自身の失敗を挽回すべく、内なる怒りを燃やす。そんな中、テンペストに単騎で向かうヒナタに聖騎士団（クルセイダーズ）が合流したとリムルに報告が入る。

ヒナタはリムルとの対話を望み、姿を隠さずテンペストを目指す。道中リムル考案のラーメンに舌鼓をうち、整備された街道を走り、リムルが本気で人と魔物の共存を望んでいると確信し、同時にリムルの挑発的なメッセージを思い出し困惑する。一方リムルは、ヒナタをソウエイらに捕捉させていた。ヒナタの真意が掴めず陽動作戦の可能性が捨てきれない。緊張高まる中、聖騎士団（クルセイダーズ）のレナードが部下百騎を連れてテンペストに侵攻した。

リムルの領土内で聖騎士団（クルセイダーズ）が軍事行動を仕掛けた。リムル達もテンペストを守るため、やむを得ず応戦する。シオンは、聖騎士団（クルセイダーズ）レナード、ギャルドを相手に、新たなユニークスキルを見せつける。リムルは全身全霊をかけて挑んでくるヒナタと対峙する！恩師・シズから受け継いだ戦いの技術と経験の全てを懸けて戦うヒナタ。リムルはそれを紙一重で交わしながら応戦する。死闘の先にあるのはーー。

テンペストでリムルとヒナタが死闘を繰り広げている頃、ファルムス王国の首都マリスでは一人の男が暗躍していた。名はダムラダ。彼は敵勢に原初の悪魔族（デーモン）の存在を察知し、自らの謀略のため一手仕掛けて姿を消す。一方、当のディアブロは敵対するエドワルド王の前に降り立つ。各国の記者もいる中、ヨウムと和解するよう王に警告するが、高い実力を誇る聖人・三武仙を擁した王は抵抗。ディアブロは容赦無く、敵全員に恐怖を植え付ける。

戦いを終結させるため、ヒナタは全身全霊をかけた自分の一撃をリムルが受け切れたら負けを認めると提案。リムルは案を呑み、ヒナタの崩魔霊子斬（メルトスラッシュ）を受けるも、持ち堪える。約束通りヒナタが負けを認めた時、七曜がヒナタに持たせた剣が独りでに動き、リムルに刃を向けた。咄嗟に身を挺して守ったヒナタは瀕死の重傷を追う。そこにルベリオスの支配層・七曜の老師が現れた。彼らはヒナタを始末し、リムルを倒そうと自ら手を下す。

開国祭が終わってからも、さらなる活気を見せる魔国連邦。街には冒険者が集まり、地下迷宮も大盛況！ ……のはずが、その地下迷宮に思わぬ問題があるようで――。

地下迷宮の改善と高額賞金による宣伝効果でテコ入れは大成功。運営も軌道に乗り、リムルも一安心。しかし今度はルールの穴を突いて攻略するチーム緑乱が現れて……。

地下迷宮用の仮魔体を手にしたリムルたち。しかしレベルの低い仮魔体と連携の取れない戦い方ではチーム緑乱に太刀打ちできない。そこでリムルは仲間と特訓を始める。