月野うさぎは、今日もねぼうして学校へ急ぐ途中で、小学生にいじめられているおでこにバンソーコーを貼られた黒ネコのルナを助けた。その夜、うさぎのもとへやってきたルナは変身ブローチを渡し、セーラームーンとなって月のプリンセスを探せと、使命を語る。その時、うさぎの耳に親友なるの助けを求める悲鳴が聞こえた。

うさぎは、最近評判の占いハウスにお客を取られて寂しそうにしているジジに恋愛運を占ってもらった。そこで｢いつも会っている人に思われている｣と言われて、ゲーセンの元基のことだと思いこんで有頂天に。しかし占いハウスへ行ったクラスメイトたちのようすがおかしい。占いハウスが怪しいとにらんだうさぎとルナは…。

深夜のラジオ番組“ミッドナイト・ゼロ”のDJのJダイトーにラブレターを読んでもらった春菜先生が、授業中に眠ってしまった。なるもJダイトーにラブレターを読まれた翌日、教室で眠ってしまう。おかしいと感じたうさぎは、変身ペンで美人アナウンサーに変身してラジオ局へ潜入する。

おフロからあがったうさぎは、体重計にのって悲鳴をあげた。ダイエットに目覚めたうさぎは、なるたちと評判のエステサロンへ向かう。しかしうさぎは、すぐにギブアップ。そのころ、なるたちは、たちまちやせるというシェイプアップ光線を浴びていた。しかし、それはダーク・キングダムのワナだった。

うさぎの弟の進悟は大のネコ嫌い。そこで動物になれるために新種のペット、シャネーラを飼うことになった。しかし進悟は、シャネーラを連れて部屋にとじこもってしまう。そしてシャネーラは、学校でも問題を起こしていた。原因はシャネーラだとペットショップへ調査に向かったうさぎも、シャネーラの目に魅入られてしまった。

うさぎは、怪物に追われているという作曲家の雨出祐介を調べるためミュージシャンに変装してライブハウスへ潜入。そこで演奏する祐介のピアノに、うさぎはうっとり。しかし祐介は妖魔に襲われ、好きな人に贈るための恋の曲が入ったテープを奪われてしまった。うさぎは祐介とともに妖魔を追跡する。

十番中学出身の大人気アイドルの白鳥みかんに影響されて、うさぎとなるはアイドルを目指して特訓開始。しかし、みかんがはじめたシンデレラ・キャラバンに参加した人々がおかしくなりはじめた。次の日曜にキャラバン参加者がショーをすることを知ったうさぎは、会場のシャンシャンプラザへ向かった。

ルナは不思議なエナジーを感じる少女、水野亜美を監視していた。テストのヤマを教えてもらおうと、うさぎは亜美とゲームセンターで遊ぶ。やがて亜美は塾へ向かったが、1枚のディスクを忘れていった。だがルナが解析すると、そのディスクには洗脳プログラムが入っている。はたして亜美は妖魔なのか!?

亜美とショッピングを楽しむうさぎは、時計店で見た黒ネコの目覚まし時計をひとめで気に入ってしまった。お金がなくて泣く泣くあきらめたけど、ママがその時計を買ってきてくれていた。翌朝、亜美がうさぎを迎えにいくと、朝寝坊が得意のうさぎがすでに学校へ!? うさぎだけではない、亜美以外のみんなはなんだか忙しそう。

呪われた路線バスのうわさに、怖がりのうさぎは火川神社へお守りを買いにきた。そこで出会った神社の孫娘のレイは、最近不思議な気配を感じるという。レイは神社の手伝いをしている謎の青年を怪しんでいたのだ。調査中のうさぎもバスごと暗黒へ吸い込まれてしまう。レイは火に祈りを捧げて、ついに謎の原因を突き止めた。

ダークキングダムとの壮絶な死闘の後、セーラー戦士としての記憶を失ったうさぎたちセーラー戦士は、それぞれ普通の女の子としての生活を送っていた。ある夜、巨大な隕石が落下。落下現場へ行ったうさぎは、そこで亜美やまことと出会い、なぜか懐かしい気持ちになるのを不思議に思う。しかし、ルナとアルテミスは、いいようのない胸騒ぎに襲われる。その翌日、十番中学には不思議な雰囲気の漂う銀河兄妹が転校してきた…。

なるが、人気アイドル白鳥みかん主演ドラマのオーディションを受けることになった。なるに誘われてテレビ局へ行ったうさぎは、そこで亜美やレイたち、いまだに記憶を失ったままのセーラー戦士と再会するがオーディション資格のないうさぎだけは会場に入れない。しかし、そのオーディションは、すでにエイルとアンが乗っ取っていた。亜美たちからエナジーを吸い取るカーディアン。その時、意を決したルナがみんなに語りかける！

まことの幼なじみ篠崎が、カーディアンに襲われて重傷を負ってしまった。自分のために犠牲になった篠崎のために輸血をするまこと。一方ルナは、最近出没する謎の敵について話し合うために、火川神社にセーラー戦士を集めていた。その頃、夏美は衛にひとめぼれしてしまい、うさぎは銀河星十郎から告白されてしまう。突然の告白にドギマギするうさぎ。しかし、そのときカーディアンの出現場所を、レイの祈とうがつきとめた！

うさぎは十番町にオープンしたバーチャルリアリティ・シアターで衛、銀河兄妹とひょんなことからダブルデートをすることに。しかし、そこにカーディアンが現われ、人々からエナジーを吸い取り始めてしまう。うさぎは変身して戦うが、ムーン・ティアラ・アクションが作動しない！カーディアンに追い詰められるセーラームーン。そのとき“月影の騎士”が現われた！セーラームーンは、衛と月影の騎士が同時に存在することに混乱する。

うさぎたちは、桜田先生やなる、夏美と花見に。おいしいお弁当を食べて楽しいひとときを過ごすうさぎたち。しかし、そこへカーディアンが出現し、なるや桜田先生からエナジーを奪っていく。さらにレイや亜美たちもとらわれてしまい、セーラームーンはひとりで戦うが、やはりティアラは飛ばない。戦う武器のないセーラームーンは追い詰められカーディアンにつかまってしまう。すると、セーラームーンの変身までもが解けてしまった！

美奈子は、いじめられていた幼稚園児のミエを助けたことから友達になった。そしてセーラームーンが本当にいるということを信じているミエのために、美奈子は幼稚園へ行き、ほかの園児たちにセーラームーンはいると力説する。一方で、幼稚園バスを襲うカーディアンの出現が頻発していた。うさぎはバスに乗り込むため、幼稚園の先生に変身。そして、うさぎが乗ったバスには、美奈子とミエも乗っていた。

エイルとアンが狙う次の標的は、新鮮な生命エネルギーに満ちた幼児だった。そして保育園がカーディアンに襲われ、たまたま事件現場にいあわせたうさぎと衛は、エナジーを奪われて入院中の母親に代わり、赤ちゃんの面倒をみることになってしまう。はじめての子守りでやることなすこと失敗ばかりのうさぎだが、衛の部屋で、赤ちゃんの世話を楽しんでいた。しかしそのとき、別の保育園にもカーディアンが現われたとの連絡が…。

レイの通うＴ．Ａ女学院の文化祭がはじまった。実行委員長でステージにも出演するレイは大忙し。そして文化祭の当日、うさぎたちも学園にやってきて、いろいろな出店を楽しんでいた。やがて体育館でレイのステージがはじまった。自作の歌を歌い始めるレイ。しかし、そこへエイルとアンが送り出したカーディアンが出現。会場にいた人々からエナジーを奪い始め、レイもカーディアンにつかまってしまった！

セーラー戦士がピンチになると、どこからともなく現われる月影の騎士。亜美とまことは、その正体について考えを巡らせていた。まことは、その人間離れした身のこなしを目撃し、星十郎こそが月影の騎士だと思い接近する。だが、まことは星十郎に一目ぼれして、猛烈アタックを開始してしまう。まことは手作りのお弁当を星十郎に渡し、自分の想いをぶつける。しかし、まこととデートをする星十郎のところにアンが現われた！

衛が十番ホールで演劇をすることになって、うさぎたちも手伝うことになった。うさぎの提案で演目は白雪姫に決定。しかし、衛の相手役になる白雪姫役を誰が演じるかで大騒ぎ。そんな時、ひそかに白雪姫役を狙う夏美が、あみだくじで決めるべきだと提案。くじの結果で夏美が白雪姫に決まった。実は夏美がくじに細工していたのだ。しかし、そのことを聞きつけたエイルはエナジーを集めるため、カーディアンを十番ホールに送り出し…。

地球の平和を守ってきたセーラー戦士だったが、現実世界ではすでに中学３年生。高校受験も目前に迫っていた。うさぎたちはレイの家に集まって、戦いで遅れた勉強をがんばっていた。しかし、霊感の強いレイは悪夢に悩まされていた。怖ろしい沈黙が世界を包み込もうとしている。そしてその予感は現実のものとなってしまった。レイは火川神社で謎の怪人ダイモーンに襲われ、ピュアな心を奪われてしまったのだ。

新たな敵ダイモーンのために輝きを失ってしまった銀水晶。落ち込むうさぎを、衛は捨てられたネコたちがひっそりと暮らす洋館へ誘った。そこでうさぎは、ネコたちにエサをあげる少女と出会い、ちょっとだけ元気をもらう。しかし、その少女がダイモーンに襲われてしまった。少女から奪われるピュアな心。ふたたび出現した謎の２人の戦士によって少女の心の結晶は取り戻せたが、ダイモーンは復活。タキシード仮面に襲いかかった。

うさぎと美奈子は、レイの家での勉強会をサボってゲーセンで遊んでいた。そこで２人は天王はるかと海王みちるという美しいカップルに出会う。どうしてもはるかの秘密を知りたい美奈子とうさぎは、2人の後を追って、とある町工場へやってきた。だが、その工場にもダイモーンが現われ、エンジニアから心の結晶を奪ってしまった。そして、ついに２人の謎の戦士が正体を現した。なんと、その戦士はセーラー戦士だったのだ。

うさぎは愛する衛のために、花嫁修業を宣言するがレイたちに相手にしてもらえない。ひとりで落ち込むうさぎは、公園でバイオリンを演奏しているみちるを見かける。才能豊かなバイオリニストで有名な画家でもあるみちると比べて、なんの取り柄もない自分に落ち込むうさぎ。そんなうさぎにみちるは優しく語りかけ、バイオリン・リサイタルのチケットを渡す。しかし、そのリサイタルには、すでにダイモーンの卵が送り込まれていた。

うさぎは、元基の妹の宇奈月に衛とキスしたことがあるか聞かれてドキドキ。そんな宇奈月は、ファーストキスを夢見るピュアな乙女心をうさぎに語る。しかし、ダイモーンは、そのピュアな心を狙って宇奈月を襲った。そこへウラヌスとネプチューンが現われて、宇奈月のピュアな心の結晶を巡って争いはじめる。その頃、ピュアな心を失った宇奈月は、助けに来たうさぎたちにキスを迫る。うさぎは、心の結晶を求めて町へ飛び出していった。

最近、うまくいっていない海野となるの仲を取り持つため、十番街に開園する「恋人公園」の愛情コンテストに２人を出場させようとする。そしてコンテスト当日、会場にははるかとみちるの姿もあった。まるで恋人のようにコンテストの難問をクリアしていくはるかたちに引き替え、うさぎたちの声援もむなしく、いつものようにドジばかりの海野。しかし、その会場には、すでにカオリナイトがダイモーンの卵を植え付けていたのだった。

まことは、はるかのカッコよさに憧れていた。そんなピュアな心に目を付けたカオリナイトは、まことがはるかから受け取ったスカーフにダイモーンのタネを植え付けてしまう。一方、まことがダイモーンに狙われていることを知ったはるかたちも、まことを監視して、ピュアな心の結晶が出現するのを待つことにした。港で憧れのはるかと幸せなひとときを過ごすまこと。そこへダイモーンが現われて、まことから心の結晶を奪った。

亜美は、自分が勉強しか取り柄のない少女ではないのかと悩んでいた。それゆえに自分に自信を持てない亜美は、プールでみちるに勝負を挑まれても、全力を出し切れずにいた。さらに、うさぎの不用意な一言が、さらに亜美を傷つけてしまう。ひとり落ち込む亜美。そんな亜美に、みちるが再試合を挑んできた。ふたたびプールでみちると勝負する亜美は、今度は全力で泳いだ。悩みを吹っ切った亜美だったが、そこにダイモーンが現われて･･･｡

モトクロスレースで負けた腹いせに、他のレーサーから襲撃を受け、うさぎとはるかは山中に取り残されてしまう。その頃、レーサーの山田がダイモーンに襲われてしまった。駆けつけたネプチューンが心の結晶を取り戻すが、じつはカオリナイトがネプチューンたちをおびき出すためのワナだったのだ。ネプチューンを助けに来たウラヌスだが、セーラームーンと手錠につながれてしまい、やむなくその場から逃げ出すはめになり。

レイは、世界に沈黙が訪れるという悪夢の正体を突き止めようとして祈祷を続けていた。雄一郎は、そんなレイの役に立ちたいと思うが、自分の無力さに気づかされるばかり。ある日、はるかと一緒にいるレイを目にした雄一郎は、勘違いしてはるかに勝負を挑んでしまう。はるかに負け、レイからもなじられてしまった雄一郎は、火川神社を去ることを決意する。うさぎの説得でレイは雄一郎を追いかけたが、そこにダイモーンが現われた。

ちびうさは、一本の角と美しい翼を持つ白馬・ペガサスの夢を見た。そしてペガサスの呼びかける声に、ちびうさはなぜか心を揺さぶられた。その頃、数世紀ぶりに東京で皆既日食が観測される。東京が暗闇に閉ざされたその隙に、新たな敵デッドムーン・サーカスが出現していた。

新たな敵、デッドムーンは世界征服の野望のために、美しい夢の中に住むペガサスを探していた。アマゾン・トリオのタイガーズ・アイが狙う次のターゲットは、元基の恋人のレイカだった。レイカはこれまでの研究が認められて、ヨーロッパに行くことを勧められていたが……。

うさぎとちびうさが、育子ママの作ったレモンパイを巡って大ゲンカ。ちびうさに甘い育子ママに、うさぎは怒って家を飛び出してしまう。ホークス・アイが捕らえた新たなターゲットは、なんと育子ママ。セーラームーンは育子ママを救おうとするが必殺技が通じない！

失敗続きのアマゾン・トリオは焦っていた。タイガーズ・アイは、なるを次のターゲットに。ペガサスをおびき出すために余命３ヶ月と偽って、なるに近づくタイガーズ・アイ。なるに迫る危機にセーラームーンが駆けつけた。そして、ちびうさの呼びかけにペガサスが現われ……｡

衛の高校時代からの同級生、沙織に、うさぎを恋人だと紹介する衛。だが、沙織は本気にしない。沙織の様子から、衛のことが好きなのではないかと疑うちびうさ。もし、衛がうさぎと結ばれなかったら、自分の存在が消えてしまう。そんなちびうさの不安は的中してしまい……。

アルテミスの元気がない。原因は、アルテミスが十番教会のシスターに見とれていたと、ルナに言われてしまったからだ。落ち込むアルテミスの前に、突然しゃべる子猫のダイアナが出現。ダイアナから「お父さま」と呼ばれたところをルナに見られて、すっかり嫌われてしまう。

ベストセラー小説『月夜の天馬』の作者はまことの親友、高瀬智子だった。うさぎたちは、智子のサインをもらうために智子の家に向かう。しかし、智子はスランプで小説が書けなくなっていた。そんな智子のところに、タイガーズ・アイが現われた。

タイガーズ・アイは、誰の影の中にも入ることのできるレムレスを使い、ペガサスを宿主から追い出し捕まえようと考えた。タイガーズ・アイの狙いはちびうさの学校の美術教師の森野。ちびうさは、襲われた森野を助けるためペガサスを呼ぶが、ペガサスの影にレムレスが進入し……。

衛の部屋で勉強するうさぎたち。しかしダイアナの勘違いにより衛の部屋が使用不能になってしまった。大学のレポートを仕上げなければならない衛は、レイの家に行くことになる。うさぎは、衛とレイが昔つき合っていたことを心配して、忍者の姿でレイの家に忍び込むが……。

ちびうさは、美しい妖精のイラストが描かれた本に夢中になり、その作者の北方と知り合う。本に描かれた花はペガサスの世界の植物に似ているらしい。翌日、北方を訪ねたちびうさは、フィッシュ・アイの化けた不思議な女の子と遊ぶ北方を目撃する。以後、北方は人が変わって……。

デッドムーンを倒したうさぎたちセーラー戦士は、さらに受験も終えて、晴れて高校一年生になった。そして、ちびうさも未来へ帰ろうとしていた。しかし、その時、封印されていたネヘレニアに、セーラームーンへの復讐をささやきかける謎の声があった。新たなパワーを得たネヘレニアは、心の鏡を割ってしまう。地上に降り注ぐ鏡のカケラからはネヘレニアの分身ミラーパレドリィが出現し、はるかとみちるに襲いかかってきた。

赤ん坊だったはずのほたるは、ミラーパレドリィの出現によって急成長していた。そして、ほたるはセーラームーンの未来を覆う暗い影を予言する。一方、流星群が東京に降り注いだ日から様子が変わってしまった衛に、うさぎはいい知れない不安を抱いていた。レイたちはそんなうさぎを心配して、元気づけようとしてくれる。しかし、ネヘレニアの影は着実に迫っていた。氷川神社に集まったうさぎたちをミラーパレドリィが襲撃したのだ。

無気力に鏡を見続けるという奇病にかかった人々が続出。はるかたちは、新たな敵の出現との関連を疑っていた。学校で、奇病にかかった少女を目撃したうさぎは、衛のことが心配になり、衛のマンションを訪れる。そして、うさぎがそこで見たのは、暗い鏡だらけの部屋で姿見に心を奪われている衛の姿だった。セーラームーンたちは、ほたるから衛に危機が迫っていると聞かされ、衛のマンションへと向かった。

ネヘレニアに衛を奪われてしまった。その時、ちびうさの身体にも異変が訪れていた。未来が変わろうとしている。うさぎと衛が結ばれなければ、ちびうさは誕生しない。このまま衛を取り返すことができなければ、ちびうさは消滅してしまうというのだ。みんなの引き留める声を振り切って、自らネヘレニアの元に向かおうとするうさぎのパワーが暴走。エターナルセーラームーンに変身したうさぎは、ひとり飛び去ってしまった。

ネヘレニアのワナにかかって分断されてしまったセーラー戦士たちは、それぞれ苦戦しながらも、ひとり衛のもとへ向かううさぎを想いネヘレニアの攻撃に立ち向かっていた。しかし、攻撃をかわしたと思った次の瞬間、次々に鏡に囚われるセーラー戦士たち。一方、うさぎはネヘレニアの作り出した幻影の中に迷い込んでいた。幻影の中で次第に記憶を失っていくうさぎ。そしてついに、うさぎの前に復讐に燃えるネヘレニアが現われた。

ちびムーンとサターンは、ネヘレニアの宮殿にたどりついた。しかし、必死のちびうさの願いも虚しく、衛の目は覚めようとしなかった。次第に消えゆくちびムーン。そして東京でも人々が、鏡の中に取り込まれていく。サターンは、破滅の力を解放するサイレンスグレイブを振り下ろす。その頃、うさぎは血だらけになりながら茨の道を進み、ようやく宮殿にたどりついた。しかし、そこでうさぎが見たものは、消えゆくちびムーンの姿だった。

アイドルグループのスリーライツが大人気。レイや美奈子、亜美でさえスリーライツの大ファン。しかし、うさぎはアメリカ留学が決まった衛との別れで思い悩んでいた。衛とは離ればなれになりたくない、しかし、衛の夢が叶うことを喜ばなくてはならない。うさぎは複雑な気持ちに揺れ動いていた。そして、衛がアメリカへ旅立つ日、うさぎは、飛行場で熱狂的なファンに囲まれるスリーライツのセイヤとすれ違った。

うさぎたちには高校での新たな生活も始まっていた。まことや亜美、美奈子もそれぞれ得意な部活に入ったり、勧誘されたりで大忙し。うさぎは、新たに出現した敵と新たなセーラー戦士が気になっていた。そんな時、うさぎは街中でまたまたセイヤと鉢合わせ。しかも、「おだんご頭」と呼ばれて気分はサイアク。翌日、スリーライツが転校してきて、十番高校は大騒ぎ。セイヤたちは、うさぎたちのクラスにやってきた。

アイドルを目指す美奈子は、芸能界への近道にスリーライツを利用することを決意。ついにスリーライツの付き人になってしまった。ところが、スリーライツの行く先々でカメラを構えるカメラマンの板橋サキに、本当のプロの厳しさがわかっていないと指摘されてしまう。そして、スタジオ撮影の時に美奈子は、プロの世界の厳しさに気づかされることになる。しかし、そんなサキをセーラーアイアンマウスが狙ってきた。

スリーライツはミュージカルの主役に抜擢されて、猛稽古に汗を流していた。しかし、演出家の具志堅あかねは、セイヤばかりにダメ出しをする。うさぎたちはミュージカルの練習を見学しにいった。そして、そこでレイはあかねの正体が教会のシスターだと気づいてしまった。教会にあかねを訪ねたセイヤは、ミュージカルにスリーライツを抜擢した理由を聞かされる。