少年たちが夢をたくして闘うベイブレード。蒼井バルトは何よりもベイが大好きな少年。学校の体育館でバルトとヴァルキリーは強豪・黄山乱太郎ことクミチョーとラグナルクにバトルを挑む。しかし勝負に敗れ、好きなだけで基本が出来ていないことを指摘される。そんな中、親友で天才と名高い紅シュウのバトルに感化され、基本を身につけるための特訓を重ねる。そして地区大会１回戦を迎えるが、なんと相手はあのクミチョーだった！

１回戦突破で調子に乗るバルト。シュウには浮かれて勝てる程ベイは甘くないと諭され、その直後のクミチョーとのバトルでは痛恨のバーストフィニッシュで敗北。再び特訓に精を出すも気負い過ぎたバルトに、双子の弟妹トコナツとニカは気分転換のため人形劇に誘う。劇の主人公なのに弱い勇者はまるで今のバルトの鏡写しのようで……。そして迎えた大会２回戦、相手はケル＆ベス人形を操る異色のブレーダー緑川犬介だ！

ヴァルキリ－ＶＳケルベウス。セカンドバトルは両者同時のスピンフィニッシュとなり、勝負はサードバトルへ。緊張がバルトを縛り、ガチガチになった手から落ちるヴァルキリー。動揺して転んだバルトの目の前に飛び込んできたのはケルとべスの人形。バルトは人形劇で見た勇者を思い出す。緊張がほぐれたバルトは、みんなの応援に応え、ついに完璧なラッシュシュートでヴァルキリーをシュートする！！

突然の閃きでベイブレードクラブを作ろうと思い立つバルト。クミチョーは快く入部してくれたが、クラブを成立させるには後３人必要だ。そこでバルトは心当たりを誘うことにした。お目当ては緑川犬介。だが犬介はバルトに１つ条件を出す。それは紅シュウとのベイバトルだった。バルトは快諾し、バトルを実現させるためにシュウを説得する！

朝寝坊で遅刻したバルトの元へ現れた次の対戦相手、黒神ダイナ。大会前にも関わらずバトルを申し込むダイナに不審なものを感じる犬介。その予感は的中。バルトのラッシュシュートを探るための芝居だった。さらに、ダイナの挑発で感情的になったバルトはいつも通りのシュートを打てなくなってしまう。バルトは自分を取り戻せるのか？

地区大会では優勝候補のシュウや、他の強豪たちが勝ちすすんで行く。バルトは、母・千春から言われた家の手伝いを、ベイの特訓として全力でこなす。一方、学校ではクミチョーや犬介、ダイナから、バルトの弱点は感情の不安定さだと指摘される。そこで、平常心をきたえる特訓を始める。何度も放たれるバルトの失敗シュートを観察しているうちに、ダイナはある事に気付く。

新必殺技を狙って打つことが出来ず、試行錯誤するバルト。しかしシュウの助言が解決のきっかけとなり、バルトは新必殺技を確実に打てるようさらなる特訓を重ねる。一方、バルトの次の対戦相手である紺田ホウジは悩んでいた。とある事情で、真剣勝負ができないかもしれないためだ。ホウジは、バルトのもとを訪れる事にして…

バルトはみんなの応援を受け、ホウジはワキヤに勝利を誓い、それぞれの想いでバトルにのぞむ。ホウジはホルスードの特徴を活かした強力な必殺技を持っているブレーダー。シュウを始め、まだ見ぬ強豪たちも注目する中、そんな強敵とのバトルにも関わらずバルトの顔には笑みが！？バルトとヴァルキリーはホウジの必殺技を攻略できるのか？

会場で迷子になったニカを助けた銀刃オロチ。神の耳を持つ彼は、バルトの放つシュート音に興味をしめす。一方、ワキヤもバルトに興味を持ち、大量のパンをバルトの家に注文。配達でおびき出されたバルトと強引にバトルをする。すると、ワイバーンの鉄壁の防御にヴァルキリーは苦戦。バルトはワキヤの誘いに乗り続けて感情的になってしまい…

ワキヤに打ちのめされて、悔しさのあまりスランプに陥るバルト。朝食も、クミチョーも、何もかもがワキヤに見えてしまう。心配したクミチョーたちが気分転換をはかろうとするも、全て空回り。負け続けに嫌気がさしたバルトは部屋に引きこもってしまう。一方、オロチは病院から出てくるシュウの姿を見かける。

バルトはスペイン行きの飛行機の中。スペインの名門ベイクラブ・ＢＣソルにスカウトされ、世界へ飛び出したのだ！スペインの地に降り立ったバルトは、そこで出会った少年キットに連れられて広場へと辿り着く。そこにはベイスタジアムがあり、謎のブレーダー・シスコとのベイバトルとなる。ブレーダー魂に火が付いたバルトだが、待ち受けるのは世界の洗礼だった！？

バルトはやっと目的地のＢＣソルに到着した。しかし大遅刻の罰として入団テストを受けさせられる。世界中から集った入団希望者。その中には、何とクミチョーが！再会を喜びながらも合格を争うライバルとして２人は闘志を燃やす。進化したラグナルクで勝ち進むクミチョー。入団できるのはたった１人！勝ち残るのは誰だ！！

バルト達に、強豪レアルサンバットとの親善試合の知らせが届いた。対戦メンバーの選考はエースであるフリーとのバトルで決めると知って、盛り上がるバルト。だが、フリーはベイを手で回すと宣言。馬鹿にされたと怒るバルトは気合のシュートを放つが、その直後フリーが手で回すと言った意味を思い知る事に！？

ワキヤＶＳクミチョーの対戦で始まった親善試合。進化したワイバーンとの攻防に、ラグナルクは苦戦。第２ゲームもワキヤは続けて試合に出場し、バルトとの対戦に。相性の悪いワイバーンを前に攻めきれないヴァルキリーだが、その様子を見ていたフリーは意外なアドバイスをする。バルトは進化したヴァルキリーの新たな一面を見ることに…！？

バルトＶＳシスコ。シスコはランチャーを持ち変えると、まだ本気を出していなかったと不敵にほほ笑む。バルトを追い込み、強豪ブレーダーの実力を見せつける。一方のバルトは、ヴァルキリーをコントロールできずに苦戦する。勝利をつかむのはどちらか！？そして、ＢＣソルは遂にフリーが登場。会場はフリーのバトルに驚く事となる……。

レアルサンバットとの親善試合、最終ゲームはクミチョーＶＳワキヤ。勝利をつかむのはどちらのチームか？そして、ヨーロッパリーグに向けて特訓を開始するＢＣソル。トップチームを選考するテストバトルが行われる。バルトはジャンゴと対戦、激しいバトルがくり広げられる！そんな中、ＢＣソルの入団テストを受けに意外な強豪ブレーダーが現れた！！

ジャンゴがＢＣソルを抜けたのはバルトのせいだと冷たくあたるスタン。その態度に困惑するバルトだが、自分は自分らしくとベイの特訓に打ち込む。そしてヨーロッパリーグの出場メンバーを決める日がやってきた。トップチームの意地にかけて負けられないスタンは、バルトとのバトルにのぞむ！果たして勝負の行方は！？

ドイツの強豪ベイクラブ・トップヴァントのクーザは、偵察でＢＣソルに潜入！しかし、思わぬハプニングでバルトに追われることになる！？一方、アメリカの強豪ベイクラブ・ニューヨークブルズのオーナー、ギルテンはフリーに接近する。彼はＢＣソルからフリーを引き抜くため、着々と準備を進めていた……。そして、ヨーロッパリーグ初戦、ＢＣソルＶＳトップヴァントの試合が始まる！

ＢＣソルＶＳトップヴァント。追い詰められたＢＣソルからはフリーが登場。対するクーザは世界ランクＮＯ．１のフリーを倒すべく一気に勝負を掛ける。ドレインファブニルとアルタークロノス、勝利はどちらのベイに！？そして、ＢＣソルはヨーロッパリーグ初戦を勝利で飾る事が出来るのか？

ヨーロッパリーグ初戦を終え、世界ランキング入りしたバルトとクミチョー。２人に刺激されＢＣソルのブレーダー達も気合が入る。一方、シスコは活躍できぬまま不満を溜め込んでいた。そんな中、エースのフリーに関する驚くべきニュースがＢＣソルを駆け抜ける！動揺を隠せないバルトは、導かれるようにフリーがよく行く森の中へと…。