不良少年の浦飯幽助は、交通事故で死亡し幽霊になってしまう。そんな中、霊界の案内人・ぼたんから、試練を受ければ生き返るチャンスがあると聞く。

霊界を訪れた幽助は、霊界獣の卵を無事かえすという試練を受けることに。生き返る時までに肉体が燃やされてしまわないよう幼なじみの雪村螢子に頼む。

桑原和真は、幽助のケンカのライバル。ケンカ好きの桑原たちに手を焼いた明石先生は、彼らに1週間のケンカ禁止とテストでの好成績を約束させる。

幽助の肉体を保護するため螢子はかいがいしくその世話をする。そんな折、幽助のアパートに放火魔が! 幽助の肉体を守ろうと螢子が火の中に飛び込む。

コエンマに課された試練を乗り越えた幽助は、螢子から生命エネルギーをもらい生き返る。復活した幽助の次なる試練は、霊界探偵になることだった。

霊界探偵としての最初の使命は、霊界から盗まれた三大秘宝を取り戻すこと。それを盗んだ妖怪盗賊の一匹・剛鬼と戦う幽助は、その力に圧倒される。

剛鬼を倒した幽助の前に、次に現れたのは蔵馬。だが蔵馬には戦う意思がないばかりか、妖怪と知らずに自分を育ててくれた母を病気から救いたいと言う。

剛鬼、蔵馬から秘宝を取り戻した幽助だが、残る妖怪盗賊・飛影が螢子を誘拐。螢子を救うために戦う幽助は、飛影の邪眼の呪縛で大ピンチに...。

妖怪・乱童の手から霊光波動拳の師範・幻海の奥義を守れと指令を受けた幽助。訪れた寺で偶然にも桑原と出会い、2人は次々と試験をクリアしていく。

第四次審査は、まず暗闇の中での実戦。第三試合、剣の使い手・武蔵との戦いで苦戦を強いられる桑原だが、霊気で剣を作り出し辛くも勝利する。

苦戦の末に戸愚呂兄弟を倒した幽助たち。だがその前に、再び戸愚呂・弟が・・・！！恐るべき強さを見せつける戸愚呂の前に成す術もなかった幽助は、幻海の元で更なる修行を積む。来るべき、暗黒武術会に備えて・・・。

幽助、桑原、蔵馬、飛影。彼らに、謎の覆面戦士を加えた5人は、暗黒武術会のゲストとして会場・首くくり島へ向かう船に乗った。だが、ゲストであるはずの5人は、船上での予選に勝ち残らねばならず・・・。

ついに暗黒武術会が幕を開け、応援にかけつける螢子やコエンマたち。大将・幽助が目を覚まさぬまま始まった初戦で、桑原は六遊怪の鈴駒に苦戦する。

桑原と鈴駒の決着がつき、次は蔵馬と呂屠(ろと)の戦いへ。母親を人質に取った呂屠の卑劣さが逆に蔵馬の怒りを買い、植物を操る霊気で報いを受ける。

飛影と火炎術師・是流との戦いが始まる。六遊怪の中でもNo.1と言われる力を持つ是流に苦戦する飛影は、未完の奥義・炎殺黒龍波を使うことに。

妙な酔っぱらい・酎と、やっと目を覚ました幽助との大将対決が始まる。酎はその見た目とは裏腹に、洗練された技と幽助に匹敵する力を持っていた。

互いに力を使い果たした幽助と酎。決着をつけるため、酎の提案したナイフエッジデスマッチを行うが、限られた領域内での肉弾戦は熾烈を極める。

二回戦進出を決めた浦飯チームだが、それぞれが力を使い果たして戦えないほどに疲れきっていた。一方、戸愚呂チームは圧倒的な強さを見せつける。

試合の開始時間になっても現れない飛影と蔵馬。2人が途中で相手チームのメンバーに足止めされる中、幽助は桑原と覆面戦士の3人で戦うことに。

Dr.イチガキチームのM1、2、3号が実験体であることに同情した幽助と桑原はピンチに。その時、2人をかばった覆面戦士の覆面が破れてしまう。

暗黒武術会を終え平凡な日常を過ごす幽助たち。一方、コエンマは人間界で起こり始めた不穏な動きに不安を募らせ、幽助に新たな指令を与えようとする。

不思議な力を持つ学生たちにさらわれた幽助を助けるため、桑原たちは指定された場所へ。奇妙な貼り紙のある屋敷では蔵馬の同級生・海藤が待っていた。

海藤の持つ奇妙な"禁句"の力によって、飛影、桑原、ぼたんは次々と魂を抜き取られていく。ひとり残った蔵馬は、海藤との一騎討ちである提案をする。

海藤の能力を逆手にとり勝負を制した蔵馬と一同は、幽助を助け出すため先へと進む。2人目の能力者・柳沢との勝負の後、この計画の黒幕が姿を現す。

幻海とコエンマから恐るべき真実が一同に伝えられる。何者かが人間界と魔界を結ぶ穴を開こうとし、その穴が開けば人間界の破壊にもつながるという。

魔界の穴を開こうとする者を探すため、蟲寄(むしより)市へ向かう幽助たち。人の心を読むことができる室田と出会い、共に捜索を続けていくと...。

負傷した室田を担ぎ込んだ病院には"医師(ドクター)"の能力を持つ男・神谷が潜んでいた。奇怪なウイルス虫により、院内で大勢の人々が倒れていく。

痛みも感じず気絶もしない神谷。能力者が気を失えばその領域(テリトリー)は破れるが、幽助は人間である神谷との戦いにどうケリをつけるべきか悩む。

魔界の穴が広がる中、桑原は幽助と別行動することに。新たな敵・水兵(シーマン)が、自らの血液と水を混ぜて作る液体生物で桑原と友人たちを襲う。

仲間を助けようと必死になる桑原に、さらなる攻撃を仕掛けるシーマン。液体生物に取り込まれた桑原は、生死の境で次元を切る新たな能力に目覚める。

平和な日常に何か割り切れないものを感じる幽助。コエンマの助言で幻海の寺を訪れた幽助は、初代霊界探偵・佐藤黒呼を紹介され、彼女の家へ向かう。

魔界から来たという3人の使者が現れ、幽助は魔界の状況や本当の父・雷禅のことを聞かされる。しかし、幽助はそんな彼らにうさん臭さを感じていた。

魔界行きを決め、螢子に別れを告げにゆく幽助。その頃、蔵馬の元には魔界の三大国王のひとり・黄泉から、飛影には別の王・ムクロからの使者が訪れる。

幻海の寺で桑原やぼたんたちに別れを告げ、魔界へと向かった幽助。北神たちの案内で雷禅と対面し、仙水との決着に手出ししたことを責めるが...。

魔界に来て半年、飛影の戦闘能力はムクロの直属戦士と戦えるまでに成長する。戦い疲れた飛影がいつも見る夢は、過去の屈辱に満ちた記憶と同じだった。

ムクロの直属戦士のひとりであり、飛影に邪眼を施し、剣術を教えた魔界整体師・時雨。飛影はそんな師ともいえる男と命がけの剣勝負を繰り広げる。

かつて盗賊仲間だった蔵馬と黄泉。だが、過去に何者かが送った刺客によって光を奪われた黄泉は、蔵馬を脅迫し、なんとか味方に引き入れようとする。

黄泉から信頼される蔵馬を妬み、殺意を募らせる軍事参謀総長・鯱(シャチ)。一方、蔵馬は幻海たちの協力により、新戦力となる戦士の養成を急ぐ。

手合わせのため雷禅の元を訪れた幽助は、空腹によりおかしくなっている父の様子に気づく。激闘のあと、雷禅は人を喰わなくなった理由を話し始める。

黄泉の国・癌陀羅を訪れ、父の雷禅が死んだことを告げる幽助。魔界全土を巻き込むトーナメント大会の開催を提案するが、黄泉は却下しようとする。