吸血鬼(ヴァンピール)の青年 ノエは師から頼まれ、吸血鬼に呪いを振り撒くという魔導書“ヴァニタスの書”を探しにパリへ向かっていた。パリへ向かう飛空船の中で、ある事件に巻き込まれたノエは、吸血鬼の専門医を自称する人間 青い瞳の青年ヴァニタスと出会う。

オルロックのもとを後にし、「吸血鬼(ヴァンピール)事件の犯人を捕まえる」という目的が一致したヴァニタスとノエは、行動を共にすることに。早速、事件の情報を手に入れ犯人と目されるトマ・ベルヌーを発見するが、トマを追う最中に、“ヴァニタスの書”を求める吸血鬼の少年・ルカと、その騎士（シュバリエ）ジャンヌが二人の前に現れる。

狡猾な手段でジャンヌとの闘いを制したヴァニタス。アメリアの記憶の中で真名を歪めた元凶『シャルラタン』を目撃し怒りを露にするノエの前に、彼の幼なじみ、ドミニク・ド・サドが現れる。ドミニクから仮面舞踏会へのエスコートを頼まれたノエは、仮面をつけた謎の集団『シャルラタン』、そして黒い影の手がかりを求め、吸血鬼たちの住む異界（アルタス）へ向かう。

ドミニクと共に仮面舞踏会に参加したヴァニタスとノエ。その会は呪持ちが何人も同時に発症し会場はパニックに陥る。混乱の最中、ヴァニタスを探していたノエは偶然ルカと再会するも、「蜘蛛の仮面をつけた謎の男」に襲われてしまう。一方ルカを見失ってしまったジャンヌは突然の吸血衝動に襲われ、立ち上がることができない状態になる。

蜘蛛の仮面をつけた男と対峙するノエの前に、アメリアの記憶で見た黒い影、『シャルラタン』が姿を現す。幼なじみのルイについての過去のトラウマを呼び起こされ、動けなくなってしまうノエ。そのまま謎の黒い影『ネーニア』に飲み込まれそうになるが、間一髪のところでヴァニタスが現れ―。

ノエとルカの元にヴァニタスとジャンヌが合流するも、蜘蛛の仮面をつけた男とネーニアをとり逃してしまう。騒動の犯人と誤解を受けるヴァニタスの前にルスヴン卿が現れる。一方、今回の出来事を受けてヴァニタスの言葉に興味を深めたノエは、改めて行動を共にすることを決意する。

ヴァニタスとノエは、ルカ、ジャンヌ、ドミニクと共にアルタスパリのカフェへ訪れる。広場で踊ったり、束の間の休息をとる一行。その後、仮面舞踏会での出来事、そして『シャルラタン』の手がかりを得るために、ヴァニタスとノエはカルブンクルス城のルスヴン卿の元へ向かう。

近頃吸血鬼（ヴァンピール）の行方不明事件が起きているという情報を得たヴァニタスとノエ。呪持ちが誘拐されたという話をダンテから聞き事件との関連性を疑う。手がかりを元にノートルダム大聖堂を訪れた2人は、その地下に広がるカタコンブの迷宮で“碧玉”の聖騎士（パラディン）として狩人（シャスール）を束ねる、ローラン＝フォルティスと出会う。

ローランの攻撃をなんとか逃れたヴァニタスとノエは、やっとの思いで事情を聞き入れてもらう。ローラン、そして彼と同じく狩人（シャスール）のマリア、ジョルジュと共に地下迷宮のさらに深層へ向かっていくと、最奥にかつて狩人から追放されたはずの研究者、ドクター・モローの姿があった。

ドクター・モローの研究所で激しい戦闘に巻き込まれるヴァニタスたち。誘拐された呪持ち影法師（プレダトゥール）を相手に苦戦を強いられるが、ノエの協力もあり、ヴァニタスは影法師の真名を取り戻す。その後爆発で崩れ出した研究室からヴァニタスとノエはなんとか地上への脱出に成功する。