銃器による対人型VRゲーム《ガンゲイル・オンライン》で、新たな大会が開催されようとしていた。《スクワッド・ジャム》――最大６名のプレイヤーで構成されたチームが生き残りをかけて、ひとつのフィールドで戦うチーム対抗バトルロイヤル戦だ。 「がんばろうね、ピーちゃん！」 全身をピンクの装備で統一した女性プレイヤーのレンは、巨漢のスナイパー・エムとともにその大会に挑んでいた。森林エリアにひとり潜むレンのもとに、敵チームが迫る。

東京の大学に進学した小比類巻香蓮は、長身であることへのコンプレックスにより、思い描いていたような学生生活を送れずにいた。 ある日、彼女は「別の自分になれること」に興味を抱き、地元の親友・篠原美優の手ほどきのもとVRゲームとそのハード《アミュスフィア》を手に取る。お気に入りのアバターができるまで、いくつものVRゲームを試した彼女はやがて《ガンゲイル・オンライン》にめぐり合う。 「わたし、かわいくて小っちゃいんだ……わたし、レンなんだ！」 　デザートピンクの装備を身に着けた彼女は、名うてのプレイヤーキラーとして恐れられるようになる。ところが、褐色肌の女性プレイヤーに、銃を突きつけられて……。

チーム対抗のバトルロイヤル戦《スクワッド・ジャム》が、《ガンゲイル・オンライン》の日本サーバーで開催されることになった。 その大会への出場をピトフーイに打診されたレンの心は揺れる。大会には出たいと思うけれど、その日はあこがれのアーティスト・神崎エルザのライブの日だった。 結局、チケットを入手できなかった彼女は、大会へ思いをぶつけることに。 「あ……暴れてやる……！」 ピトフーイが紹介した巨漢のエムとともに彼女は戦場へ向かう。

チーム対抗のバトルロイヤル戦《スクワッド・ジャム》が開始してまもなく１時間が過ぎようとしていた。レンとエムのふたりはまだ戦場で健在だった。 「３位確定かぁ……うまくいけば、本当に優勝できちゃうかも」 順調な戦況に気を緩めたレンたちのもとに、敵チームが急襲する。銃弾が降り注ぐ中、エムはバックパックから特殊なアイテムを取り出すと、レンに作戦を伝える。その作戦とは、レンが全速力で逃げ回り、敵の目を引き付けるというもの。その間にエムが敵を狙撃するという。はたして、その作戦は上手くいくのだろうか……。

《スクワッド・ジャム》が開始して１時間15分が過ぎた。残るチームは、レンたちともうひとつのチームだけ。急に取り乱したエムを残し、レンはたったひとりで決戦に向かう。 「ラストバトル！　やってやるぞー！　ま、できるところまでは」 相手チーム《SHINC》のメンバーは６人。激しい銃撃の中、レンは持ち前の俊敏性を活かして、戦場を駆け回る。だが、逃げ回っていては勝つことができない。そう気づいたときに、手元あった愛銃P90、通称ピーちゃんが語り掛けてきた。 「やっと気付いてくれたんだねっ！」 ピーちゃんの想い（!?）を受け、レンは相手チームに正面から挑む。

レンの優勝で幕を閉じた《スクワッド・ジャム》から二週間後、レンのプレイヤー・小比類巻香蓮の部屋に、６人の女子高校生が集まった。彼女たちは《スクワッド・ジャム》でレンが最後に戦った相手チーム《ＳＨＩＮＣ》のプレイヤーたち。彼女たちは香蓮を慕い、大会の録画映像を観ながら勉強会をしたいと申し出たのだ。彼女たちは第２回の大会に向けて、早くも準備を始めていた。北海道の実家に帰り、友人の篠原美優と親交を温めた香蓮のもとに一通のメールが届く。それは第２回《スクワッド・ジャム》開催のお知らせだった。しかし…… 「……正直、出なくてもいいかな……」 乗り気でないまま東京に戻ってきた香蓮が自宅のマンションに入ろうとしたとき、ひとりの男が現れる。

《セカンド・スクワッド・ジャム》が開催される。今回は小比類巻香蓮の友人、篠原美優も参戦。彼女は別のVRMMORPGからキャラクターをコンバートし、フカ次郎というアバターで《ガンゲイル・オンライン》を始める。レンは、フカ次郎を連れて、武器を購入しに行くが……。 「と、その前にＳＪ２の参加登録しなきゃ！」 　レンの《セカンド・スクワッド・ジャム》参加が公表されると、第１回《スクワッド・ジャム》のライバルたちが打倒レンに向けて動き始める。

《セカンド・スクワッド・ジャム》が始まった。レンとフカ次郎の初期配置はマップの最北西のエリア。10分が経ち、各チームのリーダーの位置がマップに表示されるサテライトスキャンが行われる。レンは、ピトフーイとエムのいる場所を探すが……彼女たちは、はるか遠くの地点にいた。 　ピトたちのチーム《PM4》を目指して進軍を開始するレンとフカ次郎。やがて、町エリアに陣を敷くチームを発見する。先行するフカ次郎が攻撃を仕掛けようとするも、罠にハマり行動不能に陥ってしまう。いきなりのピンチにレンは……。 「ここにいて。……ＳＪ優勝者の実力、ちょっと見せてくる」

ピトフーイたちのチーム《PM4》を倒すべく、複数のチームが結託して攻撃を開始する。はたしてピトたちの運命は――。 そのころ、レンとフカ次郎は《PM4》の現在位置を目指して、最短距離で進軍していた。目の前にそびえ立つ巨大なドームの中を突っ切ると早いのだが、そこには３つの敵チームが確認された。 「今回は《ラッキー・ガール》返上かな、こりゃ……」 すると、ドームからいくつもの銃声が聞こえてくる。どうやら敵チーム同士が戦闘しているらしい。敵同士で潰しあってくれれば……そう考えていたレンはその銃声に奇妙な感覚を覚える。

残りは６チーム。サバンナで戦うレンとフカ次郎のふたりは《MMTM》の襲撃を受けた。そのとき、前回《スクワッド・ジャム》のライバルチーム《ＳＨＩＮＣ》が、レンたちの前に現れる。《ＳＨＩＮＣ》のボスは、レンにガチのタイマン勝負を申し込むが……。 「ごめん……それはできない」 　唯一ピトフーイを止められるのはレンのみ。７チームを返り討ちにして勢いが止まらないピトフーイとエムのチーム《PM4》に《ＳＨＩＮＣ》と《LF》が挑む。エムの狙撃をかいくぐり、最強の盾を突破することはできるのか……。 「各員、気合い入れな！　目標《ＰＭ４》！　《お菓子作戦》を開始する！」

レンの準優勝で終わったチームバトル「セカンド・スクワッド・ジャム」（SJ2）から三ヵ月後。「サード・スクワッド・ジャム」（SJ3）の開催が発表された。それから程なくしてピトフーイ、エム、フカ次郎、そしてレンによる最強チーム「LPFM」が結成されたというニュースが流れる。レンに執着するクラレンス、ピトフーイをキルしようと闘志を燃やすシャーリー、SJ1でレンに負けた雪辱を晴らそうとするSHINCの面々。SJ2を上回る白熱の狂宴が間もなく始まる……！

SJ3がスタートした。今回のフィールドは四方を海に囲まれた島。小高い丘になった中央部分は「UNKNOWN」と記されている。「このUNKNOWNが、今回の《特別ルール》かな？」レンがそんなことを考えたとき、海岸の水位が上がっていることに気づく。何とフィールドである島が少しずつ沈んでいたのだ！どんな危険があるか分からないUNKNOWNに向うことを余儀なくされるレンたち。その途中で、優勝候補のLPFMを倒すために手を結んだ連合チームに襲撃される。

連合チームの多くを返り討ちにしたLPFMだが、その間にも島は沈み、活動可能エリアは大幅に減少していた。レンたちは海側を避け、連合チームが固まっている北東を突っ切る作戦を立てる。時を同じくして、クラレンスは連合チームに参加。2人ずつのチームに小分けになり、LPFMに波状攻撃をしかける作戦を提案する。だが作戦開始直後、クラレンスは裏切り、味方に牙を剥く。さらにKKHCを離れ単独行動をしているシャーリーも連合チームに攻撃を加える！

クラレンスとシャーリーによって連合チームは壊滅。その2人も激闘の末、相討ちになり、KKHCも全滅する。LPFMは貨車の中にあったトラックに乗り、無人の野を行くがごとく悠々とUNKNOWNへと向う。一方、島の南東部に転送されたSHINCは、スキャンを待たずに進軍を開始。その途中で荒くれ者のチームBKAと遭遇し、あっさりとこれを撃破。続いて光学銃だけを装備するRGBと遭遇する。光学銃対策を万全にしてきたSHINCは対戦車ライフルによる遠距離狙撃でRGBを易々と壊滅させるのだった。

運営チームから衝撃の特別ルールが発表された。それは残った6チームからそれぞれ1人が《裏切り者》として選ばれ、新たにチームを結成するというもの。LPFMからはピトフーイが、SHINCからはチームリーダーのエヴァが選ばれる。レンと戦えることを喜ぶピトフーイ。エヴァはレンと戦えることを願って潔くチームを抜ける。そしてすべての《裏切り者》たちがUNKNOWNに設置されていた豪華客船で合流、これをもって最恐チーム《ビトレイヤーズ》（BTRY）が結成される！

島の中央に向ったレンたちは、そこに鎮座する豪華客船を発見した。島は依然として沈み続けており、この船に乗り込まないと溺死してしまう。だが船にはBTRYが待ち構えており、うかつに近づけない。どのチームが先に動くのか。残存チームが牽制し会っている中、豪華客船から小型艇が落下し、船体下部の侵入口を次々と塞いでいく。覚悟を決めたLPFMはエムの射撃を合図に突撃。同時に他のチームも客船へと向う。BTRYと残存チームの生き残りを懸けた決死の戦いが始まる！

ピトフーイの命令で浸水を止めないまま航行している豪華客船は、徐々に沈み始めていた。LPFMは激戦の末、SHINCを全滅させる。一方、MMTMはピトフーイのしかけた罠によって全滅。ビルの屋上に取り残されていたT-Sたちもピトフーイの命令で突っ込んだ豪華客船によってビルを崩され、海に落下して死亡。元T-Sのエルビンもピトフーイによってキルされる。チームの仲間を謀殺したピトフーイに怒り、対決を宣言するデヴィッド。一方エヴァはレンとの対決を求め、行動を開始する。

LPFMの真の《裏切り者》はレンだった。ピトフーイは本気のレンと戦うため、自分が《裏切り者》だと嘘をついていたのだった。事実を知ったレンはキレてピトフーイを倒すと宣言。エヴァと合流しBTRYとしてLPFMとの対決を決意する。対するピトフーイはBTRYと対等の戦いをするため、エムに勝負を邪魔しないよう言いわたすと、フカ次郎をパートナーにしてBTRYへ挑む。SJ3最後の戦いが、ついに幕を開ける……！

激動のSJ3から一ヶ月が過ぎた。北海道に帰省した香蓮は、GGOを続けるかどうか迷っていると美優に打ち明ける。だが美優は香蓮の本当の悩みが、エルザや咲から向けられるピュアなライバル心に困っていること、そしてGGOでの殺し合いに戸惑いつつも、戦う楽しさに魅了されていることだと見抜く。そんな中、GGO運営からSJとは違う、新しいゲームへの案内が届く。その内容は、「専用特設フィールドで新型NPC達が守る《拠点》を、複数チームで同時に攻略する」というものだった。

SHINC・エヴァと本気で戦うため、レンはゲームへの参加を決めた。このゲームのクリアには、7人のNPCを全滅させるか、彼らが奪ったガス弾頭を奪い返すことが必要。LPFMのメンバーとともに敵が待ち構えている目的地へと向うレンは、その途中でSHINCと遭遇。突撃しようとした瞬間、ZEMALからの攻撃を受ける。《バックパック型給弾システム》によって隙の無い連射を可能にしたZEMALの攻撃は凄まじく、反撃の糸口を掴めずにいた。