何ごとにも空っぽな自分に目を背けながら、娯楽に溺れる街、歌舞伎町で闇営業のホストをして借金返済の日々を過ごしていた久導細道。騙し騙され暮らしてきたある日、ついに真国政府の摘発を受けることになってしまう。すべてが違法の街と成り果て、自らも捕まれば命はない中、細道は容赦なく追い詰められていく！しかし、そんな絶体絶命のピンチを“逆転”してくれたのは巨大人型兵器「ガランドール」だった！

新宿を追われ、秋葉原へ逃れてきた細道たち。ここに反政府組織「アラハバキ」のアジトがあるのだという。アジトの本部に招かれた細道は、パイロット適合者として認められ、あろうことか勝手に雇用されてしまう。借金返済のため、まったく乗り気でないままパイロットとなった細道は、仕事と割り切ってパートナーとなるため、りんに接触を試みる。

心を閉ざして意識を失ってしまったりんに接触をするため、細道は深層心理へサイコダイブを試みる。そこはザバーンのヒーローショー会場。そこで、細道とりんは人質として捉えられてしまう！しかし、先の戦闘での敗北がトラウマになり、夢の中ですら勝利のイメージをつかめなくなってしまったりんの姿を見た細道は、自らの責任を全うしようと動き出すっ！

第二の電池少女、蒼葉夕紀を見つけ出したアラハバキ。地下アイドルである彼女は、解放軍所属で、ロボットに乗れる！ なんて人気爆上げシチュエーションを逃すはずもなく、二つ返事で電池少女となる！パイロット兼マネージャーにもなってしまった細道は、彼女のアイドル活動も支えることになってしまう！！

初出動での敗退に加え、ファンも離れてしまった夕紀はアイドルを卒業すると言い出し、アラハバキを去ってしまった。マネージャーとして連れ戻しに向かう細道だったが、気持ちは変わらないと突っぱねられてしまう。しかし、そう言いつつも本心は明かさない夕紀を見抜いていた細道は、奥の手を用意していたっ！

つかの間の平和が訪れ、思い思いに過ごす電池少女たち。しかし、そこへ極秘に入手が成功した真国のプロパガンダ映像が届く！幻国の人々を「毒文化に耽溺し、軟弱で嘆かわしい」「未来を奪われた幻国を我々が矯正する」と一方的に述べる映像に憤慨する一同。しかし、細道は真国の言い分にも一理あると思っており…。

行方不明だった第三の電池少女にして、天才ハッカー「ワードニャ」の異名を持つ黒木ミサが突如として戻ってきた！しかし、帰還早々、充電部屋に引きこもってしまい、りんも夕紀もときめきエネルギーが充電できなくなってしまう。メンバー達の黒歴史を盾に、部屋から出ないミサだったが、細道に対して部屋を明け渡す条件を出す。「私に――ゲームで勝てたら。」

ダンジョンに取り残された細道。彼がいないと、ガランドールの真の力を発揮できない！りんも夕紀も稼働ができなくなり、絶体絶命のピンチ。ヤクモに対してなんとか時間稼ぎを試みるバルザックの裏で、細道救助に向かうミサ。危険な状況でもミサの捜し物を手伝ってくれる細道に、ミサは父の面影を重ねていた。

真国軍上層部より、幻国統一の遅れを指摘されるアカツキ。そこで、幻国の国民が好きらしい「24時間マラソン」にて心をつかむ作戦に出る。しかしアカツキの作戦はアラハバキの電波ジャックによりアラハバキの活動を宣伝するという逆の結果に。作戦の失敗に立つ瀬がなくなったアカツキは、今一度敵を知るべく、ハヤテとともに秋葉原に潜入を試みる。

対峙するアカツキと細道。その裏でりんとハヤテもまた、お互いの正体を知らずに秋葉原を散策していた。そこで夕紀のゲリラライブを目にしたハヤテは、真国軍人として電波ジャック事件の犯人である有紀夕紀の逮捕に動いてしまう！秋葉原に見切りをつけたアカツキは、アラハバキに24時間の猶予を与え、総攻撃を行うと宣言する！