人格が数値化できるようになった未来。刑事課に配属された常守朱に手渡されたのは「犯罪係数」という数値によって犯罪者を裁く銃—ドミネーターであった。戸惑いながら現場へ向かう朱。そこで彼女が出会ったのは……。

配属初日に狡噛慎也との軋轢が生じてしまった朱。執行官との関係性を計りかねたまま、暗澹たる思いで公安局へ向かった彼女に出動命令が下される。自らの監視官という立場に悩みながら、現場へ向かう朱だったが……。

狡噛との関係性に自信を持ち始めた朱。そんな時、完全自動化されたドローン工場で変死体が発見される。あくまでも事故だと言い張る工場関係者だが、狡噛たちは事件の臭いをかぎつける……。

狡噛の存在に戸惑う朱は、ネット上のアバター―タリスマンに相談を持ちかける。しかし、タリスマンを使用していた男は、すでに死亡していたことが明らかになる。一体誰がタリスマンを操っているのか……。

朱の同級生が操るアバター——スプーギーブーギーの協力の下行われた「偽タリスマン捕獲作戦」はみごと失敗に終わり、あまつさえ、さらに新たな犠牲者が出てしまう。犯人確保への決意を固くする朱だったが……。

狡噛の苦い過去——「標本事件」を知った朱。そして狡噛は、先の工場事件とアバター乗っ取り事件に「標本事件」との関連性を見いだす。そんな中、私立の名門桜霜学園で新たな事件が……。

桜霜学園の生徒が標本化した遺体で発見された。「標本事件」と類似性の高い本件の捜査からに狡噛は外されてしまう。そんな彼の監視を命じられた朱に、狡噛はある男の存在を語りはじめる。

一連の事件の背後に「マキシマ」の存在があると確信する狡噛。刑事の嗅覚で、女子生徒殺害事件の犯人を追い詰める狡噛達だったが、その背後では新たな凶悪事件が動き出そうとしていた。

「マキシマ」の存在に迫るため、プロファイリングの第一人者雑賀教授のもとへ訪れる狡噛と朱。一方マキシマも協力者泉宮寺とともに新たな犯罪の青写真を描き始めていた。徐々に交錯する狡噛とマキシマの思惑……。

朱の友人ゆきを囮に、泉宮寺の狩り場へおびき出された狡噛。閉ざされた空間で通信手段を奪われた狡噛を、泉宮寺の罠が襲う。はたして狡噛はゆきを無事助け出すことが出来るのか!?

2114年、シビュラシステム運用下にある東京の繁華街で連続爆破事件が起きた。公安局刑事課一係の監視官・常守朱は、事件直後に色相が悪化した人物のサイマスティックスキャンのログをトレースすることで居場所を特定。一係と二係の刑事と現場へ向かう。朱は逃亡を図る潜在犯・喜汰沢旭をすぐに執行しようとせず、ある可能性に賭けようとしていた――。

二係の監視官が失踪し、ドミネーターが一挺行方不明に。手がかりは現場に残された謎のメッセージ「WC？」のみ。シビュラシステム運用下において一切の痕跡を残さず行動ができる人物がいるとしたら、それは透明人間でしかない。そのころ拘留中の連続爆破犯の犯罪係数が執行対象外に下がるという事態が起きた――。

逃亡する潜在犯がエリミネーターで執行される直前につぶやいた人物の名前は……カムイ。その人物はサイマティックスキャンを欺き、他人のサイコパスをクリアにすることができるらしい。真実を追う監視官・常守朱は潜在犯隔離施設に向かい、ある男に面会する。いないはずの存在・カムイを追う朱に一係の刑事たちは混乱するが――。

救世主を名乗る人物がメンタルケア施設を占拠し、患者を人質にとる事件が起きた。犯人はカムイの名を叫ぶ。行方不明になった監視官に導かれて、このメンタルケア施設にいた二係の監視官・青柳璃彩はドミネーターを犯人に突きつける。だが、その犯人の犯罪係数は執行対象外だった。犯人を止めようとする青柳はガラス片を握り締め――。

局長に命じられた三係の作戦の結果、犯人とともに人質のサイコパスも悪化しメンタルケア施設は虐殺の場となってしまった。事件後、朱はカムイの存在を確認するために国防省の軍事ドローン研究開発部門が使用している旧港の倉庫地帯へ足を運ぶ。すると捜査中に軍事ドローンが起動し、殺戮をはじめた。そのドローンを操作している者の正体は――。

軍事ドローンは容赦なく刑事たちを追いつめる。そこにドミネーターを持った人物が現れ、犯罪係数が悪化した刑事たちを撃っていく。常守朱はカムイの目的に気づき、執行官を下がらせ、監視官が前線に出るように切り替える。そして朱自らカムイの足取りを追うのだが・・・・・・。そのころ市街では、ドローンの暴走が拡大し大混乱が起きていた――。

ゲームに見せかけ一般人に軍事ドローンを操作させた虐殺事件の中、複数のドミネーターが奪われた。鹿矛囲は手に入れたドミネーターを誰に向けようとしているのか。そしてそれらのドミネーターはなぜ停止措置がとられないのか――。シビュラシステムに常守朱は問いかける。そのころホロデザイナーだった雛河翔は、鹿矛囲が使うホロから思わぬ手がかりを見つける――。

鹿矛囲桐斗とは何者なのか――。鹿矛囲は過去に死んだ人間の成長ホロを駆使してあらゆるところに潜んでいた。朱たちはそこに綿密な計画性を感じ取る。一方、美佳は製薬会社を経営する東金財団を調査し、鹿矛囲に関係する特許を取得していたことを発見する。鹿矛囲の正体に迫る美佳は、公安局局長の禾生壌宗に報告書を提出するが――。

シビュラシステムの真実を禾生から告げられる美佳。真実を受け入れ社会を賛美する彼女は、シビュラの申し子を称する東金朔夜に逆らえなくなっていく。その頃、鹿矛囲は公安局から奪った複数のドミネーターを手に政府の役人たちに牙をむいていた。ドミネーターの使用が確認され、朱と一係のメンバーは現場に急行。そこに鹿矛囲が残した朱へのメッセージとは――。

透明人間が姿を見せながら行動を起こした。地下鉄に爆弾を仕掛け、700人以上の乗客を人質にとった鹿矛囲は、人質に向かってドミネーターによる無差別攻撃を開始する。鹿矛囲の目標に気づいた朱は局長の禾生と面会。そこで鹿矛囲抹殺の命を受けるも従わず、大きな賭けにでる決断をする。鹿矛囲のもとへ向かう朱。そこに立ちはだかったのは予想外の人物だった――。

2120年、東京。ハイパー・トランスポート社の大型輸送ドローンが事故を起こした。着任したばかりの厚生省公安局刑事課一係の監視官・慎導灼と炯・ミハイル・イグナトフは、この事故の調査へ向かう。彼らはそこで同社の会計士である旭・リック・フェロウズが行方不明になっていることを確認。捜索のため、灼は追跡対象者になりきる〈メンタルトレース〉を行いリックの行動を追うが、やがて海に浮かぶ遺体を発見する。状況的に事故死と判断されるも、リックの死に違和感を抱いた灼と炯は捜査を続行。そして、事故は偽装であり、内部告発の口封じのために事故を仕組んだ人物の影にたどり着く――。

偽装事故の手口をつかんだ一係は、マークしていたハイパー・トランスポート社の役員である与根原を追い廃棄区画を訪れる。スラム街出身の入江のツテで逃亡先を探り当てるも、到着時、既に与根原は死亡していた。主犯である同社顧問・些々河を追うため、霜月の命令を無視して有明空港に駆けつけた灼と炯だが、見知らぬ男たちに行く手を阻まれる。彼らは外務省行動課・狡噛慎也と宜野座伸元。些々河を逃したわけではない――灼が彼らの目的に気づいたその頃、機内では些々河が行動課により確保されていた。 事件解決後、某日。ホテルで転落死体が発見された。現場に急行した一係は、不具合の連鎖という点で、輸送機事故と似ていることに気づく。自殺か、それとも事故か。捜査のため、被害者の関係者であるアイドル政治家・小宮カリナに会いに行くが――。

転落死した土谷博士は、都知事選に立候補したアイドル政治家・小宮カリナのメンタルケア・スタッフだった。カリナに面会した灼は、彼女から底知れぬ何かを感じ取るも事件の手がかりはつかめない。捜査を進めていくと、ホテルの防犯データに、もうひとりの都知事候補である薬師寺・ヘラクレス・康介の第一秘書、リー・アキが映っていた。調査のためリーのもとを訪れた一係だが、そこで突如襲撃に遭い、リーは殺害されてしまう。 移民肯定派の薬師寺に対抗する小宮カリナ支持者の犯行なのか？ 確保した襲撃犯の背景から、入江は犯人の拠点を茗荷谷に絞る。そこはかつて入江が縄張りにしていた廃棄区画だった。裏社会を取り仕切るブローカー・榎宮春木に会いに行った灼たちは容疑者濃厚と推測するが、肝心の犯行動機と手段の確証がつかめない。 襲撃者と襲撃された側、二手に分かれて捜査をすることにした一係だが――。

停職処分になった炯の穴埋めとして、公安局と捜査コンサルタント契約を結ぶフリージャーナリストの六合塚弥生が加わった。リー殺害の襲撃犯が仮死状態で運搬されたと推理した灼たちは、六合塚の調査により、ある運送業者と榎宮との接点を見つける。一方、入江がつかんだ情報から秋葉原廃棄区画にある土谷博士の隠しラボを訪れた一係は、博士が作り出した新世代人工知能――マスコントロール・カリナ、〈マカリナ〉の事を知る。新種のメンタル誘導装置である〈マカリナ〉は、小宮カリナの重大な秘密に繋がっていた。犯人の狙いはカリナの秘密の暴露、そしてその先にある選挙そのものの操作…事件計画の目的に気付いた灼たちは、都知事選公開討論会の会場・ギガアリーナに急行するが――。

天馬から渡された名刺には、狐のマークと「梓澤廣一」の名前があった。一係前任監視官・来良と面会するため潜在犯隔離施設を訪れた炯は、もう一人の前任監視官・伏瀬の事故死に〈狐〉が関与していると聞く。色相を保ったまま犯罪を行う組織〈狐〉は公安局にもいる――灼と炯は、〈狐〉に繋がる梓澤という男を調べ始める。 後日、東京・三郷ニュータウン。入国者の宗教活動が全面解禁となる信仰特区が誕生した。特区では宗教関係者が集うＰＲイベントが開催されていたが、その会場を狙い、腹に爆弾を埋め込んだ男の自爆テロが発生する。状況から、事件は信仰特区絡みであり首謀者は別にいると推測した一係は、特区反対派の重要人物から調査を始める。 対象は難民弁護官のテレーザ陵駕、ニュータウン工場労働者の顔役であるジョセフ・アウマ上人、そして自爆犯も信者だった公認宗教団体〈ヘヴンズリープ〉教祖代行であるトーリ・アッシェンバッハ。それぞれに引っかかる点はあるものの、色相はクリアで事件関与の証拠までは得られない。一方、イベントに出席していた、特区賛成派唯一の生き残りである入国管理局オブザーバー、久利須＝矜冶・オブライエンの病室で、二度目の爆破事件が発生する。

連続爆破テロの手掛かりを得るため、公認宗教団体〈ヘヴンズリープ〉への潜入捜査を開始した炯と如月。一方、灼たちは、テレーザ陵駕と久利須が共同保有していた貸し倉庫を調査し、残る痕跡から爆弾人間があと三人いる事を突き止める。だが糸口をつかんだと思ったその矢先、ニュータウン工場地帯で第三の自爆テロが発生。重要参考人であるアウマ上人が死亡する。アウマは売春組織から逃げ出した入国者たちをかばって犠牲となったが、彼らがいた倉庫の奥には銃の部品パーツを作る工場が隠されていた。強制売春の被害者を助けながら密売をおこなっていたことに違和感を覚えた灼たちは、銃の流通ルートを調べ始める。そのころ炯と如月は教祖代行であるトーリが爆破事件に関与した証拠にたどり着くが、トーリに潜入捜査を見破られ拘束の身となる――。

外務省の潜入捜査を疑うトーリは情報を引き出すため炯を拷問し、さらに舞子をも拘束して揺さぶりをかける。一方、死亡したはずの久利須の生存を〈メンタルトレース〉によって突き止めた灼は、連続爆破テロの真相にたどりつく。久利須、陵駕、アウマ、仁世の四人で立てた“終末救済プラン”だったが、自分の息子を植物状態にされた久利須によって救済ではなく差別を生む社会への復讐へと変わり、そして〈ビフロスト〉に利用された――計画表を発見した一係は、最後の標的が小宮カリナ都知事と知る。先回りした灼たちを巻き添えに自爆しようとした久利須だったが、計画を達成することなく病気によって死亡。その直前、久利須をかばうように雛河のドミネーターの前に立った灼の犯罪係数はみるみる下降し、ゼロとなっていた。一方、〈ヘブンズリープ〉への強制捜査に踏み切った霜月は二係を引き連れ炯の捜索に当たっていた。追い詰められたトーリは舞子を人質にとり炯と対峙するが、一瞬の隙を突かれ、舞子が放った銃弾で絶命する。

コングレスマン、インスペクター、狐。三層構造でシビュラシステムの盲点をつく存在であるビフロスト――ドミノ倒しのように起きる事件の全体像をつかみ始めた一係は、外務省行動課と捜査協力を結び調査を続行する。事件には、行動課が追っているピースブレイカーの残党、パスファインダーも絡んでいた。行動課は彼らを追い、灼たちはまた標的になるであろう都知事の護衛任務につくこととなる。一方、如月を囮として仕込んだ餌に反応があった。食いついてきた相手に会うため指定場所を訪れた炯だが、そこに現れたのは〈狐〉ではなくコングレスマンの一人、法斑静火だった。命を狙われていると語る静火は、炯に取引を持ちかける。そのころ、都知事周辺のドローンの解析情報からクラッカーを捜索していた灼たちは小畑と接触し、任意同行で取り調べを行うが…。