極度の人見知りの高校生・朝野太陽は、事故で家族を亡くして以来、他人と関わることを極端に避けていた。そんな太陽にとって、幼なじみの夜桜六美は唯一気を許せる特別な存在だった。ある日の放課後、昼川先生に呼び出された太陽は教頭室を訪れる。そこで見せられたものは六美の隠し撮りコレクションで、陰からずっと彼女を見守ってきたという。昼川の異常さに危機感を覚える太陽。突如ナイフを突きつけられ…。

兄妹たちの協力のもと、凶一郎の妨害に打ち勝ち夫婦となった太陽と六美。翌朝、自分の部屋で目を覚ました太陽は、突然、凶一郎に吊るし上げられ外に出ると同時に、自宅が大爆発してしまう。何者かに爆弾を仕掛けられていたことがわかり驚愕する太陽。凶一郎の口から夜桜家の使命を知らされ、「六美を守る」という本当の意味を理解する。そして夜桜家の一員として「今日一日、六美を暗殺者から守れ」という初任務が与えられる！

自らの無力さが原因で六美が攫われる夢をみた太陽は「強くなりたい」と願い、二刃に特訓を申し込む。太陽の熱意を汲み、二刃から特訓を受ける条件としてまずは「１か月間、夜桜家で生活すること」を提示される。そんな太陽を待ち受けるのは、屋敷中に設置された多種多様なトラップたち。太陽にとって、夜桜屋敷での地獄の日常が幕を開ける――。一方、自分のために日々ボロボロになっていく太陽に、六美は心を痛めていた…。

仕事の事務処理を行っていた六美は、嫌五が提出した報告書に不備があることを発見。再提出を求めるが、適当な理由をつけて免れようとする嫌五の態度に、ついに六美の堪忍袋の緒が切れる！　夜桜家当主として嫌五にお灸を据えようとするが、悠々と逃げられてしまう。彼を捕まえるため「冬ごもり」を発動して屋敷を閉鎖した六美は兄妹の部屋を片っ端から見て回ることに。嫌五とのスパイスキルを駆使した鬼ごっこがスタートする…！

刑事を名乗る仏山という男に連行された太陽。敵を殴り倒している太陽の映像が、何故か闇サイトで公開されていたのだ！様々な悪行に少年ひとりの犯行とは到底考えられないと、仏山は太陽が裏で秘密組織に関わっていると疑うが、共犯者の情報は一切入手できていないらしい…。取り調べと称した、手段を選ばない理不尽な拷問に耐える太陽。さらに仏山は、六美の存在をちらつかせ脅しをかけるが、太陽はあることに気付き…!?

夜桜家のデータベースがハッキングされた!?　太陽のパーソナルデータだけが盗まれたと四怨から報告を受け、太陽は薄気味悪さを感じる。そんなある朝、登校中の太陽と六美の前に現れたのは、惚れた男を付け回して殺す“男狩り”スパイの切崎殺香だった。闇サイトに公開された太陽の動画を見て、ひと目惚れしたという。太陽と六美と同じクラスに転入してきた殺香は、授業中も太陽の命を狙うが度々失敗。ついに最終手段にでる…！

とある悪の研究所に潜入中、自ら化学兵器の猛毒を取りこんだ七悪は、体内で無毒化する副作用で眠ってしまう。そんな七悪を回収するために研究所へ向かった太陽は、政府直属の諜報機関「ヒナギク」の蒼 翠と犬神王牙に出会う。王牙の勢いに押し切られ、一緒に研究所内を捜索する太陽だったが、なんとふたりの目的は「危険物となった七悪を殺すこと」だった！無防備に眠る七悪に刃を向ける翠。太陽は止めようとするが…。

太陽と六美は、翠の案内で「ヒナギク」のアジトを訪れる。ふたりを出迎えたのは室長の不動りんで、定期的に六美とお茶会を開いているという。そこへ凶一郎が乱入し、六美の取り合いが勃発！実は、凶一郎とりんは元同級生で当時から犬猿の仲だった！ふたりのけんかは次第に激しさを増し、館内に緊急コードが発令される事態に…。事務所崩落の惨状に、頭を抱える六美はけんかを止めようとふたりの前に飛び出し…!?

護送車が爆発し、黒百合を取り逃してしまった太陽。想定内だという翠から、黒百合の正体が５、６年前に亡くなったとされる伝説のスパイ・黒顔であることが明かされる。太陽たちが逃亡した黒顔を追う中、どういうわけか拉致した副総理を連れた黒顔が、ネット中継で人々の前に現れた。復讐を果たすために、副総理へ銃口を向ける黒顔。そこで語られる過去の因縁と目的――。駆けつけた太陽は中継を遮断して黒顔と対峙する！

「ヒナギク」のアジトで行われる任務完遂の打ち上げと称した鍋パーティに、太陽と六美が招かれた。だが六美に無理矢理同行してきた凶一郎と犬猿の仲であるりんが熾烈な戦いを始めてしまい、アジト内が戦場と化する…。タイミングを見て打ち上げを抜け出した太陽は、黒顔の遺言通り洞から見つけた小さな箱を見つめる。そこには太陽の亡き家族に関する情報が入っているらしいが、真実を知ることへの不安で開けられずにいたのだった。

反社会組織・タンポポを殲滅し皮下 真を確保した太陽たちは、日々の任務をこなしながら平穏な日常を送っていた。そんなある日、ヒナギクの室長・不動リンがある人物を連れて夜桜家を訪れる。その人物とは、タンポポの元幹部で、葉桜実験の被害者・アイだった。タンポポ解体後、ヒナギクに保護されていたが、社会復帰を目指して夜桜家で生活することに。さっそく太陽や六美と打ち解け、笑顔を見せるようになったアイだが…!?