東京の下町・六月町に一人で暮らす桐山零は、高校生にしてプロの将棋棋士。義父の棋士・幸田との対局を終えた零は、三月町にある川本家へと向かう。川本家では、長女・あかり、次女・ひなた、三女・モモが零をにぎやかに迎え、夕食をともにするが……。

帰宅した零を待ち受けていたのは、棋士・二海堂晴信。幼い頃から零をライバルと呼ぶ二海堂は、零との対局を心待ちにしていたのだった。後日、先輩棋士・松本一砂との対局終了後、零は一砂や棋士仲間の三角龍雪らとスナックへと向かう。そこでは川本家の長女・あかりが働いており、あたたかく彼らを迎えるのだった。

二海堂とのプロとしての初対局の日を迎えた零。幼い日の対局を思い出しながら将棋会館へと向かった零は、気迫に満ち満ちた二海堂と相対する。そして始まる対局！それは幼いころから変わらない、「負けたくない」という互いの思いがぶつかる場で……。

野球部の試合応援を翌日にひかえたひなたは、気になるエース・高橋勇介のためにお弁当を作ることにする。華やかでかわいいお弁当を目指してはりきるひなただが、華やかさよりも定番のおかずをすすめるあかりと衝突してしまう。翌朝もお弁当作りや着ていく服選びでバタバタのひなた。乙女の一大イベントの行方はどうなる!?

あかりに頼まれてモモを保育園に迎えに行った零だが、帰り道で転んだモモが怪我をしてしまう。その手当てをしながら、零は幼い頃に家族を失くした日のことを思い出す。突然の事故によって失われた両親と妹、暖かな家。葬儀の場で孤独にたたずむ零に声をかけたのは、父の友人でプロ棋士である幸田柾近だった。「君は……将棋、好きか？」

「どこかへ行きたい……」自分の力で生活していくために必死に盤に喰らいつき、中学生でプロ棋士となった零。しかしプロ二年目となる今年、昇級する目を失ってしまう。もがいてもがいてようやく辿り着いた今の場所から動き出す理由を見出だせない零は、自らの中途半端さに思い悩む。

ファストフード店に入ったひなたと零は、そこで偶然ひなたの片思い中の相手・高橋に遭遇！緊張のあまり挙動不審でアワアワしてしまうひなたと、スポーツマンと何を話していいのか困ってしまう零。しかし零がプロ棋士だと気付いた高橋は、自分は将来プロの野球選手になりたいと語り、プロになってから一年遅れで学校に行くことを選んだ零に、その理由を問う。真剣な表情の高橋に対して、零の答えは……？

ひなたとモモに将棋を教えることになった零と二海堂。二海堂お手製のかわいい将棋ニャーの絵本に、モモたちも大興奮！将棋の基本を楽しく勉強する。 いきなり家に押しかけたり、解説で熱いメッセージを送ったりと、零との友情や将棋への熱意をまっすぐにぶつける二海堂。その熱意は零に届くのか……。

棋士歴40年、65歳の現役棋士・松永正一との対局の日。自分の人生の倍以上の年月を戦ってきた松永に、零はその覚悟を思い気を引き締める。しかし始まった対局では、行き当たりばったりとしか思えない手を指す松永に、いたたまれなくなってしまう零。対局を終えた零は行きがかり上、松永と食事に行くことになるが……？

12月。忘れ物を取りにきた香子から、零が24日に対局する相手・安井学のことを聞かされる。負けると酒を飲み暴れてしまうという安井は、このクリスマスが終わると離婚することが決まっているという。家族で過ごす最後のクリスマスに、勝って帰るか、負けて帰るか……。零は幼い日、幸田家で迎えた幼い日のクリスマスを思いながら、安井との対局へ向かう。

東京の下町・六月町に一人で暮らす桐山零は、高校生にしてプロの将棋棋士。放課後理科クラブと将棋部を合体させた「将科部」では、零は、部員たちに将棋を教えたり、ラムネの手作りを教わったりと順調に活動していく。学校の中にできたあたたかな居場所に喜びをかみしめる零。ラムネを手に、もうひとつのあたたかな居場所、川本家へと向かう。

将棋会館を訪れた零は、二海堂たち棋士仲間とともに、宗谷と隈倉による名人戦最終局の中継を見ていた。同じ部屋にいた先輩棋士に島田をからかうような発言をされた零と二海堂は苦々しい思いをこらえるが、そこへ現れた後藤が棋士たちに対し怒りをあらわにする。義姉・香子を苦しめる後藤の振る舞いに複雑な思いを抱く零。そして、歴戦の棋士・柳原から「混沌（こんとん）」と表される、名人戦の勝負の行方は？

対局の昼食休憩中、なんとしても新人戦の決勝で零と対局すると息巻く二海堂は、将来名人となった自分を妄想し熱く語る。そんな二海堂をクールに眺めていた零だったが、自分でも気付いていなかった心の内を二海堂に指摘され、たいへん動揺する。一方その頃川本家では、相米二とあかり・ひなた・モモが、三日月堂の夏の新作和菓子を相談していた。モモの斬新なアイデアも飛び出す中、いつも明るいひなたが元気のない様子で……。

小学校からひなたと仲のよかった佐倉ちほが、中学３年のクラスでいじめの標的になってしまった。見て見ぬふりをする同級生ばかりの中、ひなたはちほに声をかけていっしょにご飯を食べ、担任の先生にいじめを訴えようと提案する。しかし、ちほは激しくなる一方のいじめから学校に来られなくなり、ついには転校してしまう……。

いじめについて元担任の林田に相談する零。林田は様々な例を挙げ、「いじめられている本人がどんな解決を望んでいるかをちゃんと聞くことが大事」とアドバイスする。そして零は自分にできることを必死に考えた結果、解決に必要な経費を対局料から捻出しようと思い至り、これまでにないほど熱い思いで対局へ向かう！（でも、電卓を持って川本家に飛び込まんとする零の熱意はちょっとズレてる？！）

川本家を訪れた零は、ひなたに学校でのことを話してもらう。誰がどのくらい大きな声で笑っていいのか、教室でどのくらい自由に振る舞っていいのか、まるで決められているようなクラスの空気について、ぽつぽつと話すひなた。そんなある日の昼休み、教室にいるひなたを、憧れの野球部エース・高橋がキャッチボールに誘う。高橋は零からひなたのことを聞き、教室から連れ出そうとしてくれるのだった。

担任から「どうしてそう協調性がないの？」と言われ、怒りから鼻血を出し自宅の居間で横になるひなた。川本家を訪れた零は、恥ずかしがって顔を隠すひなたを彼なりの優しさで気遣う。そしてあかりと買い物に出た帰り、妹のことで不安そうな彼女に思わず大声で「ぼくもいます！」と宣言する。そんな中迎えた新人戦の準決勝。零の相手は“東のイライラ王子”こと蜂谷すばる。個性的な棋士・蜂谷を前に、零の戦いの行方は？

ひなたたちの力になりたいともがく零は、林田から「お前にできることをひとつずつやるしかない」と諭される。その言葉を胸に、零は対局で順調に勝ちつづける。一方、ともに新人戦を勝ち進んで決勝で対局しようと零にアツく語っていた二海堂は、準決勝で山崎順慶五段と対局中に倒れ、敗れていた。二海堂が入院したことを知った零は、これまで聞くことができなかった彼の事情を教えてほしいと、島田にうったえる。

京都への修学旅行の前日、川本家で零や家族と夕食をとっていたひなたは、胃の痛みから食事を残してしまう。無理して行かなくてもいいと言うあかりだったが、ひなたは後悔しないために行くと強い意志をみせる。その言葉にはっとする零。そして零は、ひなたの修学旅行と時を同じくして、大阪で山崎順慶五段との新人戦決勝に臨むのだった。

山崎順慶はプロ棋士になって６年の春、２つ目の降級点をとってしまう。そして将棋と同等に心血を注いできた鳩（はと）レースの世界では、愛情と手間をかけて育ててきた鳩の「銀」がレースから戻らない……。努力し続けるしかない将棋の世界で、ひるむことなくその身を投げ打つ二海堂との新人戦準決勝、山崎は何が何でも勝ちたいという思いで彼の前に立った。