砂漠にてアーチャーとランサーが繰り広げた規格外の戦闘により、さまざまな勢力が聖杯戦争の開幕を知ることとなった。事態が混迷を極めていく中、情報の把握と操作に奔走するファルデウスの監視の目が、スノーフィールドに新たに現れた一人の少女を捉える。行き場なく街を歩く彼女の名は、アヤカ・サジョウ。その身体には、令呪に似た紋様が刻まれていた。

オペラハウスでの騒ぎにより、スノーフィールド市警に拘留されるセイバーとアヤカ。聖杯戦争の秘匿を意識することもなく、警官の聴取に応じるセイバーを扱いあぐねるオーランドだが、そんな彼のもとを一人の男が訪ねる。ハンザ・セルバンテス──彼は偽りの聖杯戦争を監督すべく、聖堂教会より派遣された神父だった。

アサシンのマスター、ジェスター・カルトゥーレの参戦により窮地に陥る”二十八人の怪物”たちだが、そこにハンザが介入。彼は聖杯戦争の監督官としてではなく、死徒を誅する代行者としてその拳を構える。サーヴァントを排した舞台の上に残された二人がいま、英霊なき戦いの口火を切る。

警察署での戦闘から一夜が明け、事態の対処に当たるオーランドのもとをフランチェスカが訪れていた。飄々とした態度を崩さないフランチェスカに苛立ちを隠せないオーランド。しかしそんな彼らの眼前を掠め、一迅の矢がクリスタルヒルに陣するギルガメッシュとティーネへと放たれる。続けて放たれた第二矢を迎撃し、二人が赴いた先の渓谷には、二騎目の弓兵が待ち構えていた。

渓谷での戦闘より幾ばくか時計の針を戻した頃。沼地の洋館で、一人の傭兵がサーヴァントの召喚を行おうとしていた。彼のコードネームはシグマ。世界への願望も、何かを残すつもりもない──がらんどうの彼に偽りの聖杯が選んだサーヴァントは、通常の聖杯戦争では召喚し得ない、あまりに特異な英霊だった。

留置場を後にしたセイバーとアヤカは、同盟相手を求めてスノーフィールドを彷徨う。やがて二人が足を踏み入れたのは、先刻アーチャーと規格外の戦闘を繰り広げたサーヴァント──ランサーが居を構える森林地帯。自らが与するに相応しい相手か否か、武技をもって問われたセイバーは、獅子心王としてその宝具を開帳する。

セイバーとランサーの決闘から時は前後し、魔術世界を憎む少女、ハルリ・ボルザークがサーヴァントを召喚していた。だが、顕現したのはあまりに御しがたい異物のごとき英霊。その腕に腹を抉られ、彼女の命は露と消えようとしていた──一人のホムンクルスが、倒れ伏すその手をとるまでは。