ハルジオンの町に立ち寄った新人魔導士の少女・ルーシィは、サラマンダーと名乗るキザな魔導士にナゼか心を奪われてしまう。それは魅了（チャーム）という"相手の心を術者に惹きつける"禁止された魔法のせいだった！偶然、出会った少年・ナツと猫のハッピーのおかげで難を逃れたルーシィだったが、サラマンダーが憧れのギルド・「妖精の尻尾」（フェアリーテイル）の魔導士だと聞き、彼の主催する船上パーティーに参加することに！だけど、そこでルーシィを待ち受けていたのは、とんでもない陰謀だった！？

ナツに誘われ、晴れて「妖精の尻尾」（フェアリーテイル）の一員となり、期待に胸をふくらませるルーシィ！だけど、その直後、ちょっとした問題を目の当たりにすることに。ギルド仲間のマカオが「仕事」に出たっきり、一週間も帰ってこないというのだ。マカオを探しにギルドを飛び出したナツに、興味本位（？）で同行するルーシィは、マカオの仕事内容を知ってビックリ！たどり着いた場所は、猛吹雪！！なぜなら依頼は、凶悪モンスター"バルカン"の討伐！！燃えまくるナツを尻目に、ルーシィはビビリまくりです！！

お気にの新居も決まってご機嫌のルーシィは、ナツとハッピーとチームを組んで、ついに初仕事へ！依頼の内容は、「エバルー公爵の屋敷から一冊の本を取ってくる」というもの。和気あいあいと出かける三人！一方その頃、「妖精の尻尾」（フェアリーテイル）では、みんなの騒めきが‥‥。ナント、依頼の報酬が急に10倍にアップしたのだ！！　依頼内容もナゼか変更されて「本の破棄」に！！報酬アップに燃えまくるナツたち。だけど、この依頼、な～んかイヤな予感が！？

依頼の本・「DAYBREAK」（デイブレイク）には隠された秘密があった！？エバルーが"自分を主人公に"無理矢理書かせた、一見駄作のこの小説には、魔導士でもあった作者・ケム・ザレオンの、ある魔法がかけられていたのだ。そのことに気づいたルーシィは本を破棄せずに、依頼主のカービィ氏に届けることを決意！自分の悪事の数々を漏らされると思い、必死に襲いかかってくるエバルー！星霊と共に迎え撃つルーシィ！！ルーシィが届けたい"本当の秘密"、その意味とは！？

定例会でマスター不在の「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」に、鎧を纏った最強の女魔導士・エルザが帰ってきた！風紀委員のごとく皆を仕切る彼女の迫力に、新入りのルーシィもビックリ!!そんなエルザが突如、ナツとグレイにチームの結成を呼びかける。闇ギルド・鉄の森（アイゼンヴァルト）の不穏な動きを調査しようというのだ。この最強チーム（？）に同行することになったルーシィは期待と不安でいっぱい!!一方、アイゼンヴァルトの連中は"ララバイ"という魔法で何やらヤバイ計画を進行中のようで!?

魔笛・ララバイとは、その音色を聞いた者全てを滅ぼす集団呪殺魔法だった!!そして、アイゼンヴァルトの死神・エリゴール率いる一団はオシバナ駅を占拠！その動きを察知し駆けつけたエルザたちに対し、ララバイを周辺に鳴り響かせることを宣言する。計画の実行のために、その場を立ち去るエリゴールを追って、さっそく戦闘開始!!エルザの活躍で戦況は有利に働くものの、エリゴールには何やら別の目的があるみたいで･･････!?

アイゼンヴァルトの本当の目的は、ギルドマスターの集う定例会でララバイを放つことだった！邪悪な計画を遂行すべく、着々と定例会会場を目指すエリゴール。しかし、ナツたちはエリゴールの仕掛けた風の結界・魔風壁（まふうへき）によって駅構内に閉じ込められ、成す術なく立ち往生!!このままではマスターたちの命が危ない!!そんな時、一筋の光明が!!その希望とは‥え!?　ルーシィ!?

魔風壁（まふうへき）を突破し、エリゴールに追いついたナツ!!"風"を操るエリゴールに対し、ナツの"炎"は歯が立たず大ピンチ!!しかし、風の弱点に気づいたハッピーの機転で、ナツの滅竜魔法（めつりゅうまほう）が炸裂、大逆転勝利をおさめる!!遅れて駆けつけたルーシィたちも一安心・・・と思いきや、エリゴールの手下のカゲヤマが一瞬の隙をついてララバイを奪取、マスターたちの下へ向かってしまう!!一難去ってまた一難、今度こそ"ララバイ"は止められない!?

闇ギルド・アイゼンヴァルトの邪悪な企てを阻止したナツたちが、帰路の途中に迷い込んだのはクローバー大峡谷の奥‥そこは大自然の迷宮!?何やら怪しい廃村にたどり着いたものの、そこへ容赦なく空腹が襲ってくる！空腹は異常事態よりも優先だ!!ってことで、うごめく家、駆け回るイス、飢えたナツたちは何でもいいから食べようとして‥‥!?しかし、この村には意外な真実が秘められていた!!

ケンカ上等!!炎の滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）・ナツと鎧の妖精女王（ティターニア）・エルザの戦いに盛り上がるフェアリーテイル!!荒くれ者たちが集うこのギルド、語り合うにはやっぱり拳!!格上のエルザに対し、気合十分のナツも一歩も退かない!!二人の白熱のケンカの行方は!?そして一方、評議院ではアイゼンヴァルト事件における「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」の行動が問題になっていた。その内容は‥エルザの逮捕!?

収穫祭も終わり、ギルドも日常を取り戻しつつあった・・・・んだけど、そこはやっぱり「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」！！魔法専門誌「週刊ソーサラー」の取材で、みんなが我先にと大騒ぎ！！ 一方、「私のカードが言ってるよ。今日はあんた、運命の出会いをする日だ」・・・・というカナの占いで、なんとルーシィに恋の予感が！？ルーシィの前に現れたのは、「週ソラ」の記者と小説家の青年！！ルーシィの運命の相手・・・・本命は一体！？

「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」に、またまた恋の予感が！！「ナツはルーシィの事　好きなのかもね～」というミラの一言に、ルーシィの胸は高鳴って！？一方、グレイに恋してやまないジュビア‥‥その切ない乙女心は、グレイの気をひく為、禁断の"魔法薬"へと向かってしまう！！実はこの"魔法薬"、フェアリーテイルを崩壊の危機に導く（！？）のだけれど‥‥みんなを巻き込む恋の大騒動、その結末は！？

最近、ルーシィをつけ回すアヤしい影‥‥ナントそれは、変わり果てたルーシィの父親だった！！事業に失敗し、会社も私財も全て失ったというのだ。金を無心してくる父親に失望し、突き放すルーシィ。しかし、再起をかけて父親が向かった商業ギルドが、闇ギルドに占拠されてしまう！！「あんな人だけど‥それでも　あたしが‥助けに行かないきゃ！！！！」‥‥ルーシィはたった一人で父親の救出に向かう！！

闇ギルド最大勢力の"バラム同盟"！！その一角を担う闇ギルド「六魔将軍(オラシオンセイス)」が不穏な動きを見せているらしい。そこでオラシオンセイス討伐のため、「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」を含む４つの正規ギルドが連合軍を結成することに！！集った連合軍の顔ぶれは、ヤンキーにホストにナルシスト、そして‥‥お子ちゃま！？

「六魔将軍（オラシオンセイス）」の目的は、古代人が封印した強大な破壊魔法「ニルヴァーナ」を手に入れる事だった！！それを阻止すべく、作戦を遂行しようとする連合軍だが、敵の魔の手は既にそこまで迫っていた！！なんと、隙をつかれたジュラと一夜の二人が早くも手負いにされ、切り札となるはずだった魔導爆撃艇までも、ナツたちの眼前で破壊されてしまう！！そしてその直後、大胆不敵にもオラシオンセイス全員が現れて‥‥。"連合軍　vs. 六魔"、いきなり全面対決に！？

「六魔将軍（オラシオンセイス）」に連れ去られたウェンディ、その正体は"天空の滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）"で、治癒魔法の使い手だった！！先の戦闘で毒に侵されたエルザを救う為にも、ナツたちは一刻も早くウェンディを奪還しようと六魔の後を追う！！一方、オラシオンセイスはウェンディの治癒魔法で、ニルヴァーナの鍵を握る"ある人物"を復活させようとしていた！！しかし、その正体はあまりにも意外なものだった！！

ウェンディの奪還を急ぐ連合軍の前に、数多の闇ギルドが立ちはだかる！！そして、並み居る強敵をなんとか蹴散らし、いち早くウェンディの元にたどり着いたナツとハッピーだが、そこで目の当たりにした現実は、想像を絶するものだった！！ナントそこにいたのは、楽園の塔でエーテリオンに飲み込まれて消えたはずのジェラールだったのだ！！そして一人、その場を立ち去ったジェラール‥‥彼を軸に、事態はますます混沌の渦へ！！

エルザ回復の鍵を握るウェンディをナツに託し、一人で六魔の一角・“レーサー”と対峙するグレイ！！しかし、圧倒的な“スピード”を誇るレーサーの魔法はさらにグレードアップ、「デッドGP」なる魔導二輪での“レース”バトルに引きずり込まれてしまう！！敵の土俵での勝負に劣勢を強いられるグレイ。しかしそこに、かつての兄弟子・リオンが現れる！！志を共にした二人のタッグは、レーサーのスピードを“奪う”事ができるのか？

ウェンディの治癒魔法により、一命を取り止めたエルザ！！歓喜に湧くナツたちだが、時を同じくして、突如、ワース樹海から天を突き刺す黒い光が発生する！！まさか、そこにニルヴァーナが！？一瞬のためらいも見せず、“光”に向かって疾走するナツ！！一方、六魔最強と言われるミッドナイトが眠りから覚めて・・・・！！事態が混沌と化す中、ついにニルヴァーナの恐ろしい“力”が明らかに！！

ニルヴァーナ‥‥それは光と闇を入れ替える恐ろしい魔法だった！！それを知ったルーシィはヒビキらと共に、ナツを追ってニルヴァーナの下に急ぐが、その前に六魔の一人・星霊魔導士のエンジェルが立ちはだかる！！星霊を道具としてしか見ていないエンジェルに違和感を覚えるルーシィ。しかし、格上のエンジェルの前に成す術なく跪いてしまう！！絶体絶命のピンチ‥‥ルーシィの星霊への想いは奇跡を呼び起こせるか！？

S級魔導士昇格試験の出場者が発表！試験会場は妖精の尻尾（フェアリーテイル）の聖地、天狼島！！ナツ、グレイ、フリードなど総勢８名の錚々たる顔ぶれが出揃い、出場者たちは気合全開。そんな出場者の中でカナだけが、なぜか浮かない顔‥。試験のルールで、パートナーを一人選びペアを組むことになったのだが、順調に決まる人もいれば、なかなか決まらない人もいて！？

天狼島へ向かうナツ達の前に、異様ながら壮大（！）な、妖精の尻尾（フェアリーテイル）・初代ギルドマスター「メイビス」が眠る地、天狼島が姿を現した。そして、マカロフから一次試験の内容が発表される。その内容は、島にある８つのルートを突破すること。だが、そのルートにはそれぞれ試練が待ちうけている！中には、エルザやミラジェーンたちS級魔導士とのバトルもある。激闘必死のS級試験、ついに開始！！

「激闘」ルートでの対戦が次々と決まる中、エルザがいると思ってナツが選んだルートで待っていたのは、なんとギルダーツ！「終わった」と泣くハッピーを傍目に「燃えてきたぞ!!!!」と気合十分のナツ。戦いが始まると同時に全力全開で挑むナツだが、ギルダーツは全ての攻撃を弾き返す。底が見えない最強魔導士の魔力！諦めないナツだが、ギルダーツの魔法が直撃してしまい！？

一次試験を突破した出場者たちが挑む次の試験は、島のどこかにある「メイビス」の墓を見つけるというものだった。一方、試験から脱落したメストは、「妖精の尻尾（フェアリーテイル）についての、ある重大な秘密がこの島に隠されているらしい」と言い、ウェンディを誘って天狼島の探索を始める‥。そんなメストに不信感を抱くパンサーリリー。その理由とは！？そして、ウェンディの運命は！？

謎の青年から放たれた生命を奪う禍々しき黒い波動！間一髪、エルフマンとエバーグリーンの危機を救ったナツだったが、脅威の魔法が再び襲い掛かる！だが、イグニールのマフラーが身代わりとなり、ナツたちを救った！そして、青年は姿を消してしまう。同じ頃、天狼島に史上最強の闇ギルド・悪魔の心臓（グリモアハート）の飛行艇が接近。計り知れない巨大な闇の力が、妖精の尻尾（フェアリーテイル）に、ナツ達に迫る！混沌極める天狼島。運命の戦いが、いま始まる――！！

絶妙なコンビネーションで魔法を繰り出す、悪魔の心臓（グリモアハート）のヨマズ・カワズに、ガジル＆レビィは大苦戦！そして、ヨマズの口から天狼島にグリモアハートの全部隊が向かっている、という衝撃の事実が語られる。想像を超えた事態に危機を覚えたガジルは、この事をみんなに知らせるようにと、レビィを一人逃がす。そして、ガジルは傷ついた体を奮い立たせ、ヨマズとカワズの前に立ちはだかる！グリモアハート屈指の魔導士たちをそろえた「煉獄の七眷族」もついに姿を現し、戦いはさらに加速していく！

パンサーリリー、ウェンディたちを煉獄の七眷族の一人、アズマが襲う！全てを圧倒する脅威の力に、なすすべなく倒れされていく一同‥。そして、悪魔の心臓（グリモアハート）の飛行艇が天狼島に迫る。だが、その前に立ちはだかったのは巨人化したマスターマカロフ！！心の強さを拳に込めた怒りの鉄槌が飛行艇をなぎ払う！マカロフはグリモアハートを撃退できるのか！？

ますます激化する悪魔の心臓（グリモアハート）との戦い。次から次へと押し寄せてくるグリモアハートの大軍団を迎え討つナツたち。その前にひときわ異彩を放つ、黒い炎を操る魔導士が現れた。その男は、煉獄の七眷族・ザンクロウ。「弱者はいらねぇ！！！！」と味方をも焼き尽くす残虐非道な男はナツへと、黒い炎を放ってきた。炎を食べられるナツは、その炎を食べようとするが、なんと食べることができない！かつてない魔法の使い手にナツはどう挑む！？

圧倒的な力を持つ失われた魔法(ロスト・マジック)の使い手たち。その力を前に、苦戦を強いられる妖精の尻尾(フェアリーテイル)の面々。滅神魔導士(ゴッドスレイヤー)・ザンクロウと戦うナツは、竜をも超える神の炎に対抗する術がない。瀕死のマカロフの目の前で、神の炎に包まれたナツ。すべてを灰にする黒い炎の中で、ついにナツの魔力が消えてしまった････！ “絶対なる力”の前に、ナツはこのまま力尽きてしまうのか！？

型破りな戦法でザンクロウを撃破したナツ！ しかし激闘の傷は深く、ナツはその場で倒れてしまう。リサーナを守ってミラジェーンが倒れ、エルフマンとエバーグリーンも苦戦している。そんな中、七眷属の長・ウルティアがゼレフに接触！ 混沌と闇の王、伝説の黒魔導士・ゼレフを擁し、悪魔の心臓(グリモアハート)が目指す「大魔法世界」とは！？ 恐るべき野望がついに明かされる！！

星空の鍵を巡る戦いが終わった。いつも通りの騒がしさを取り戻した妖精の尻尾(フェアリーテイル)のギルドに、バイロたちレギオン隊の面々がやって来た。昨日の敵は今日の友！事件解決を祝って、全員入り乱れての宴が始まる！！一方、帰還したナツの事を話す２人の魔導士。それぞれにネコを連れた２人が所属するギルド・剣咬の虎(セイバートゥース)は、ナツたちが天狼島で眠っていた７年の間にフィオーレ最強に上り詰めたという‥‥。待望の新章「大魔闘演武編」スタート！！

久しぶりの手合わせで、ナツがマックスに大苦戦！？天狼島組が眠っている間も修行を積み、着実に強くなっていたライバルの姿に、失われた７年の大きさを痛感するナツたち。手っ取り早く魔力を上げられる方法を探すものの、ポーリュシカに一喝されてお手上げ状態！そして、この７年の間にギルドの勢力図も一変し、今や断トツの最弱ギルドに成り下がってしまった妖精の尻尾（フェアリーテイル）。その汚名を一気に返上する方法があるというのだが‥‥！？

最強ギルドの称号と３千万ジュエルを手にするため、目指すは「大魔闘演武」優勝！大魔闘演武とは、魔法を使った様々な競技で“魔”を競い合う祭だ。大魔闘演舞は３か月後に開催される。それまでに７年のブランクを埋められなければ、とてもじゃないが優勝なんて出来るわけがない。天狼組はそれぞれに合宿をはり、パワーアップを目指すことになった。ナツたちが合宿の場所に選んだのは海！しかし、順調(？)に魔力を上げるナツたちの前に突然バルゴが現れ、星霊界が滅亡の危機にあると告げる‥‥！！

星霊界での１日は人間界での３か月！？ 時間の流れの違いにより、貴重な修業期間を失ってしまったナツたち。フィオーレではナツたちが大魔闘演武に参加することが知れ渡り盛り上がっている。困り果てるナツたちは、何者かの呼び出しを受け出向いた場所で、今も投獄されているはずのジェラールと悪魔の心臓（グリモアハート）のウルティア＆メルディに出会う。３人は、ナツたちがある依頼を受けてくれたら、その代わりに大魔闘演武で戦えるよう魔力を増大できるようにしてくれるというが‥‥！？

大魔闘演武が開催されるフィオーレ王国の首都クロッカスにやって来たナツたち。「参加者は深夜12時までに指定された宿に帰ること」という規則を確認し、それぞれにクロッカスの街へと繰り出す。しかし、ナツとハッピーは剣咬の虎(セイバートゥース)の滅竜魔導士（ドラゴンスレイヤー）・スティングとローグに出会ってしまい、一触即発の状態に！自分たちを第三世代と称し、ナツを旧世代とバカにする２人。本戦で思い知らせてやることを心に誓うナツ。そして近づく深夜12時‥‥。謎に満ちた、大魔闘演舞の幕が開く！！

ついに始まった大魔闘演武！まずは予選の空中迷宮(スカイラビリンス)！この迷宮を抜け、先にゴールへたどり着いた８チームが本戦へ進出できる。時間に間に合わなかったウェンディの捜索をリサーナとハッピーに任せ、エルフマンをチームに加えたナツたち。スカイラビリンスは、空に浮かぶ巨大な球で、それ自体が回転する立体迷路。予選突破は狭き門。ナツたちは、８位以内でゴールできるのか！？そして、姿を消したウェンディとシャルルの行方は！？

大魔闘演武本戦、５日間に及ぶバトル祭がいよいよスタート！！イケメン軍団・青い天馬(ブルーペガサス)や聖十(せいてん)のジュラを擁する蛇姫の鱗(ラミアスケイル)、妖精の尻尾(フェアリーテイル)に私怨を向ける闇ギルド・大鴉の尻尾(レイヴンテイル)など、強力なギルドが次々と登場して歓声高まる会場は、優勝候補筆頭、最強ギルド・剣咬の虎（セイバートゥース）の入場を待って興奮最高潮へ！しかし、ひとつ残った出場枠‥‥。誰も予想できなかった、意外なチームが現れる‥‥！！

本戦のオープニングゲームは「隠密(ヒドゥン)」！マトーくんの掛け声とともに、競技場に広大な街が出現した！！これは参加者たちのコピーであふれる街の中から本物を見つけ出し、一撃を与えポイントを獲得していく競技だ。騙し騙され、一触即発のかくれんぼ！妖精の尻尾（フェアリーテイル）Aチームからは、必勝の決意でグレイが参加するが、なぜか大鴉の尻尾（レイヴンテイル）のナルプディングに執拗に狙われてしまう。どんどんポイントを奪われるグレイに反撃の手はあるのか！？

大魔闘演武初日の後半戦は１対１のバトルパート！競技パートで０ポイントだった妖精の尻尾（フェアリーテイル）Aチームからは、ルーシィが選出される。相手は、大鴉の尻尾（レイヴンテイル）から伸縮自在の赤髪を操るフレアだ。ウェンディにグレイ、仲間を続けて傷つけられた因縁のギルド相手に、ルーシィの怒りが爆発。いきなり星霊を二体同時に呼び出し、フレアを圧倒する！しかし、魔力では勝てないと悟ったフレアは、観客席で応援している幼いアスカを人質に取る。フレアの卑劣な手になすすべがないルーシィは、このまま敗北してしまうのか‥‥！？

第３試合はオルガ・ナナギアvs.ウォークライ。目下最強のギルドと謳われる剣咬の虎（セイバートゥース）の実力を見ようと、ナツやエルザたちも大注目！そして第４試合、妖精の尻尾（フェアリーテイル）Bチームから、ジェラール扮するミストガンが登場。屈辱を味わったルーシィたちのためにも勝利を誓う！だが対するは‥‥今大会最強候補筆頭、大陸中でたった10人にしか与えられない聖十（せいてん）の称号を戴くジュラ！ジェラールは最強の相手から、フェアリーテイルの初勝利をもぎ取ることが出来るのか‥‥！？

フィオーレ一番のギルドを決める魔導士達の祭典『大魔闘演武』。その四日目の戦いでタッグバトルをナツが制し、フェアリーテイルはついに首位に躍り出る。その夜、チームの快進撃を祝い、ギルドのメンバー達は盛大な宴会を催していた。そんな祝勝ムードの彼らの元に、闘技場の地下で、あるモノを見つけたというガジルがやってくる。彼が発見したモノ、それはおびただしい竜の骨で埋め尽くされた『ドラゴンの墓場』だった。

竜の幽霊ジルコニスから、ドラゴンスレイヤーが生まれた理由を聞かされたナツ達は、その衝撃の事実に戦慄する。そこへ、王国を救う為のある計画を遂行するべく、王宮の騎士団長アルカディオスが接触。彼はナツ達をメルクリアス城に案内し、星霊魔道士であるルーシィに協力を願い出る。しかし、そのすぐ後ろには、アルカディオスの計画を快く思わない、王国の大臣ダートンと兵達が迫っていた。

ついに始まった大魔闘演武最終戦。そのバトル形式は、クロッカスの街を丸ごと舞台にしたチーム全員参加のサバイバルゲームであった。街の至るところで激戦を繰り広げる各ギルドの魔導士達。目まぐるしく戦況が変化する中、フェアリーテイルチームは、何故か一歩も動こうとしない。果たして、彼らの真意は？一方、別働隊のナツ達は、囚われてしまったルーシィを救出するべく、再びメルクリアス城内へと向かう。

大魔闘演武の最終戦で、記憶の造形魔法を使うセイバートゥースの魔導道士・ルーファスと対決するグレイ。大会初日に彼に敗れた事もあり、グレイは何とかその雪辱を晴らそうと奮闘するが、またもや苦戦を強いられ、次第に追い込まれていってしまう。しかし、それでも彼の勝利を信じて見守るフェアリーテイルのメンバー達。果たしてこの圧倒的不利な状況のグレイに、打開する策はあるのか。

セイバートゥースのルーファスを相手に、辛くも勝ち星を上げるグレイ。勝利に沸き立つ、フェアリーテイルのメンバー達。一方、王宮メルクリアスの地下にある『奈落宮』へ落とされたナツ達は、出口を探しさ迷っていたところ、重傷を負ったアルカディオスを発見する。事情を聞こうとするナツ達だが、そこへ謎の集団が襲いかかる。それはフィオーレ王国に仇なす者を始末する、王国最強の処刑人『餓狼騎士団』だった。

奈落宮で餓狼騎士団と激闘を繰り広げるナツ達は、戦闘の最中、魔力のぶつかり合う衝撃でバラバラに弾き飛ばされてしまう。はぐれた後も、各所で戦いを続ける仲間達。その一角、ルーシィとユキノは騎士団の一人・ウオスケと戦うことになる。重力変化の魔法で二人を翻弄するウオスケ。一方、星霊を召喚する『星霊の鍵』が奪われている為、ルーシィとユキノはまともに戦う事が出来ない。果たして、彼女たちに反撃のチャンスはあるのか。

ウオスケの攻撃でマグマの中に落とされ、大ピンチのルーシィとユキノだったが、アルカディオスの決死の覚悟により、何とか溶岩の中から脱出する。しかし、二人を助け出したアルカディオスは力尽き、マグマに沈んでしまう。そんな絶体絶命の窮地を救ったのは、ルーシィの星霊であり、フェアリーテイルの仲間でもある『獅子宮の星霊レオ』だった。彼の助力で、星霊の鍵を取り戻したルーシィとユキノは、ついに反撃に出る。

餓狼騎士団との攻防もいよいよ大詰め。奈落宮の一角で、騎士団の一人カミカと戦うミラジェーン。多彩な効果を持つ紙を操る魔法で攻撃するカミカだったが、サタンソウルで悪魔の力を接収したミラジェーンには敵わない。同じ頃、各所で餓狼騎士団と激闘を繰り広げていたナツ達、他のメンバーも次々と敵を蹴散らしていく。仲間を想い、本気になったフェアリーテイル達には、王国最強の処刑人達も圧倒されてしまうのだった。

フィオーレ王国の影の処刑人・餓狼騎士団との闘いを制したナツ達は、奈落宮の出口と思しき扉へとたどり着く。しかし、いざ先へ進もうとすると、扉の向こう側から「マント姿の少女」が現れるのだった！ジェラールたちがかねてから追っていた「ゼレフに似た謎の魔力」を持つという少女の正体が、ついに明かされる！？一方、地上の大魔闘演武決勝戦では、エルザと人魚の踵(マーメイドヒール)のカグラが激闘の火花を散らすが、そこへ乱入する人物が現れて！？

ミネルバの卑劣な策に巻き込まれたミリアーナ。彼女を救うべく、エルザとカグラは戦いを余儀なくされる。そのバトルで、仇であるジェラールに味方をするエルザに、憎しみの炎を燃やすカグラ。怨みを力に変えた彼女の前に、エルザは圧倒されてしまう。そして彼女の口から語られる、悲しい過去。それはエルザにとっても、辛い過去を思い起こさせる出来事だった。

大魔闘演武優勝の功績により、フェアリーテイルには連日依頼が殺到。ギルドに新しく建設された大浴場では、日々の疲れを癒すメンバーたちが、それぞれ会話に華を咲かせていた。そんな中、女湯ではルーシィの前に突如珍客が現れるのだった！！それから数日後、ギルドではナツとグレイが大喧嘩をしていた。そこへ、彼ら2人を指名する緊急の依頼書が舞い込む。依頼内容を見たマカロフは驚愕。依頼者は、聖十大魔道の一人で、イシュガルの四天王と呼ばれる偉人からのものだったのだ！！

聖十大魔道でイシュガルの四天王の一人、ウォーロッド・シーケンの依頼を請け、ナツ達は「太陽の村」に到着する。建物・生き物すべてが凍り付くこの村は、驚くべきことに巨人の村だった！しかも、村を覆う氷は、ナツの炎でも溶かすことのできない、不思議な魔力を帯びている。そんな中、村の秘宝「永遠の炎」を狙うトレジャーハンターギルド・風精の迷宮（シルフラビリンス）が現れた！なんと彼らは、村の氷を溶かすことができるという「月の雫（ムーンドリップ）」を持っており、ナツたちは交戦を余儀なくされるのだが･･･。

凍った村を元に戻す手がかりをさがすため、ひとり別行動をしていたエルザは、何の因果か、突然子供の姿になってしまった！！一方、月の雫（ムーンドリップ）を持つトレジャーハンターギルド・風精の迷宮（シルフラビリンス）を追いかけるナツたちは、意外と強い彼らに苦戦気味。そんな折、一部だけ氷が溶けた地面から、ナツはとある声を感じ取る。どこかで聞いたことのある声、聞こえてくる声の元を目指して走り出すナツ！しかし、その先でナツも何故か子どもの姿になってしまい･･････！？

風精の迷宮（シルフラビリンス）と対峙するルーシィ・ウェンディの下に、元・大鴉の尻尾（レイヴンテイル）のフレアが加わった！彼女は、凍りついてしまったこの「太陽の村」と何か関わりがあるらしいのだが･･･。一方、突如子供の姿になってしまったエルザの前には、闇ギルドに身を落とした元・剣咬の虎（セイバートゥース）のミネルバが現れ、執拗に襲いかかるのだった！！そして更に同じ頃、別行動をしていたグレイの前にも、新たな敵の陰が近づいてきて･･･！？

闇ギルド・夢魔の眼（サキュバス・アイ）のドリアーテが使う魔法「退化ノ法」により、それぞれ子供の姿に変えられてしまったナツ・グレイ・エルザ。体格が変わり、力や速度、耐久力、魔力が低下し圧倒的不利な中、グレイは造形魔法と持ち前の機転によって、臆することなく眼前のドリアーテに対抗する。善戦の甲斐あり、ドリアーテの魔法が解けて、元の姿に戻ることができたグレイ達。しかしそれも束の間、戦況は一変する！なんとドリアーテが激しい息遣いと共に巨大化し、異形の姿へと変化してしまうのだった！！

凍りついた“永遠の炎”を溶かす方法に心当たりがあるというグレイ。その言葉を信じたナツは、一行をしつこく追い回す怪鳥と戦う役を一人で引き受ける。ナツが怪鳥と激闘を繰り広げる間に、グレイは永遠の炎に直接触れる。山ほどの大きさの氷を溶かす方法とは、魔力を通して「自分の氷に作り替える」こと。グレイの魔力によって氷は見事に溶けおちたが、その跡には肝心の“炎”も残っていなかった。全員が動揺する中、ウェンディだけが何かの気配を感じ取っていて……？

復活した“永遠の炎”によって、村の氷は溶けおちた。ナツたちは、炎の残留思念から、ゼレフ書最凶最悪の悪魔“END”の名を知らされる。一方、氷漬けから解放された巨人たちは、祝いの宴を行う。しかし、その席にフレアの姿がない。かつてこの村を捨てて出て行ったことが後ろめたくて宴に参加するのをためらっていたのだ。そんなフレアを、巨人たちは体と同じくらい大きな心で、再び迎え入れるのだった。すべてが落着したと思われたその裏で、しかし闇ギルド「冥府の門（タルタロス）」はすでに暗躍をはじめており……？

冥府の門への対策会議が行われていた魔法評議院ＥＲＡが、何者かによって襲撃、爆破されてしまう。９人の評議員は全員死亡。生き残っていたドランバルトの前にあらわれたのは、犯人を自称する半獣の男。男は自らを、冥府の門・九鬼門の一人、ジャッカルと名乗った。一方、妖精の尻尾（フェアリーテイル）へ帰ってきたナツたちは、ゼレフ書の悪魔・ＥＮＤの正体を調べていたが……。

レストラン・８アイランドを急襲した九鬼門・テンペスター。居合わせたフリード、ビックスロー、エバーグリーンが応戦するも歯が立たない。そこへラクサスが参戦、テンペスターとの激闘が始まる。三人を圧倒したテンペスターだったが、ラクサスの凄まじい戦闘力の前に敗北。勝利を諦めたテンペスターは、自らの命と引き換えに、全身を「魔障粒子」という物質に変え、町中を汚染してしまう。次々と倒れていく住人たちを救うためにラクサスがとった手段は……？

元評議員たちを狙い始めたタルタロスに対し、フェアリーテイルはチームに分かれ、それぞれ護衛の任に就く。ナツたちが訪れたのは、元評議員・ミケロの家。そこを九鬼門・ジャッカルが強襲、ナツとの激しい戦闘が始まる。関係のない町の人々を巻き込んで爆発を引き起こすジャッカルに対し、猛攻を仕掛けるナツ。はじめはナツがジャッカルを圧倒するが、ジャッカルにはまだ奥の手があり……？

魔導士ギルド「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」。その創設秘話がついに語られる。ナツたちの時代から約100年前、初代マスター・メイビスは、まだ魔法も使えない少女だった。幼くして両親を亡くしたメイビスは、魔導士ギルド「赤い蜥蜴（レッドリザード）」で働いていた。厳しい環境にありながら、いつか妖精に会うことを夢見るメイビス。しかし、その夢をあざ笑うかのように、ギルドは突然の襲撃を受ける……。

魔導士ギルド「赤い蜥蜴（レッドリザード）」が「青い髑髏（ブルースカル）」に襲われてから７年後のx686年。唯一生き残ったメイビスとゼーラは、天狼島で暮らしていた。図書室の片付けをしている２人の前に現れたのは、島の宝である天狼玉を探しに来たトレジャーハンターのユーリ。ユーリは天狼玉の在り処を聞き出すため、メイビスに「相手の真実を当てるゲーム」を仕掛ける。この出会いが、すべての冒険のはじまりだった！

盗まれた天狼玉を探すため、ユーリたちとともに島を出たメイビスとゼーラ。生まれてはじめて島から出たメイビスは、見るもの触れるものすべてに興味津々。ユーリの仲間であるプレヒトやウォーロッドとも親睦を深めようとするが、いまいち上手くいかない。そんな航海の途中、ひょんなことから海底神殿を見つけたメイビスは、新たな仲間のために、財宝を探しに行くことに。けれども、その神殿には、罠や怪物がいっぱいで!?

天狼島を出たメイビスとゼーラがはじめてたどり着いた地「港町ハルジオン」。人の多さに圧倒されるゼーラと、はじめて触れる町にはしゃぐメイビス。子連れの旅にまだ納得していないプレヒトは、“青い髑髏（ブルースカル）”の情報を集めるために、ひとり聞き込みへ行こうとするが、そこにメイビスがついてきてしまう。チグハグなふたりが足を踏み入れたのは、町はずれにある、怪しい雰囲気の酒場だった。

魔法の力を使って“青い髑髏（ブルースカル）”の情報を聞き出すことができたメイビスは、ユーリたちと共に敵ブルースカルの本拠地があるというマグノリアへ向かう。途中、森でキャンプをすることになった一行。森を探索する中で、不自然に枯れている植物や動物の死骸があることに気付く。似た光景を見たことがあるというトレジャーハンターの３人は過去の遺跡での出来事を思い出すのだが、そこからユーリとウォーロッドの口喧嘩が始まって…パーティーは解散の危機！？

商業都市マグノリア。ようやく目的地にたどり着いたメイビスたちが目にしたのは、荒れ果てた街の姿だった。辺りの様子を見てみることにした一行は、「青い髑髏（ブルースカル）」の紋章をつけた魔導士が、か弱い親子に向けて魔法弾を撃っている場面に遭遇。助けた親子から、「ブルースカル」の市民に対する圧政の実情を知らされるのだった。 その後再び市民を襲うブルースカルの魔導士に対し、魔法を使って応戦するメイビスたち。しかし、そこへブルースカルのマスター、“ジョフリー”が現れて…！？

判断ミスによりユーリに怪我を負わせてしまったと落ち込むメイビスは、潜伏先の森の奥で、謎の青年と出会う。「自分に近づく者は皆死んでいく」という青年にかけられた呪いが、「アンクセラムの黒魔術」だと看破したメイビスは、自分達に魔法を教えて欲しいと青年に頼み込む。名を名乗らず、メイビスたちと距離を置こうとする青年。彼こそは伝説の黒魔導士・ゼレフ！ かくして、数奇な運命の巡り合わせにより、メイビスたちはゼレフから直々の魔法指南を受けるのだった。

ゼレフの教えによって魔法の力を身につけたメイビスたちは、圧制に苦しむマグノリアの街を救おうと立ち上がる。反撃の時は来た！ 青い髑髏（ブルースカル）へ不満を持つ市民を集めることに成功し、彼らと共にブルースカルのギルドへと向かう。 しかし、いくら黒魔導士直伝の魔法が使えても、正面から戦って魔導士ギルドのマスターであるジョフリーには勝つことはできない…。そう判断したメイビスは、とある作戦を立てるのだった。

青い髑髏（ブルースカル）の本拠地・カルディア大聖堂で、ついに天狼玉を発見したユーリとプレヒトだったが、天狼玉にはメイビスたちの知らない危険な秘密があった！ 天狼玉に支配され、青い髑髏（ブルースカル）の「骨の竜」と一体化し暴走するユーリ。圧倒的な力で街を破壊し続けるユーリに、絶望の色を隠せない仲間たち…。しかしその中で唯一、メイビスは「古代の超魔法」でユーリを助けようと立ち上がるのだった！

青い髑髏（ブルースカル）の支配から解放されたマグノリアの街は、ギルドがなくなったことで経済が混乱していた。一方、メイビスが自身の犠牲を払ったことで助けられたユーリは、彼女のためにある重大な真実を告げる！それは、メイビスにとってはあまりにも衝撃的で、信じられない内容なのだが、ゼーラはメイビスが歩き出せるよう、励ましの言葉を贈る。 天狼島から始まった物語は、ここに一つの終焉を迎える。メイビスは前に進むため、大いなる決断をするのだった！

妖精の尻尾（フェアリーテイル）が解散してから一年後の大魔闘演武で、ルーシィと再会を果たしたナツとハッピー。三人はフェアリーテイル再建を掲げて仲間探しの旅に出る。ルーシィの案内によって訪れたマーガレットの街では、蛇姫の鱗（ラミアスケイル）が感謝祭を催していた。そこで見たかつての仲間の変わりように、ナツとハッピーは言葉を失ってしまうのだった。

マーガレットの街に魔物の大群を放ち、夜襲を仕掛けてきた魔導士ギルド・蛇鬼の鰭（オロチノフィン）。リオンやルーシィが街に侵入してきた魔物を退治する一方、敵の本隊を叩くために空を駆ける天空シスターズのウェンディとシェリア。敵の隙をつき、奇襲をかけることに成功した二人だったが、そこで彼女たちを待ち構えていたのは思いもよらぬ強敵だった。

アメフラシの村でジュビアと再会を果たしたナツたちは、消息を絶ったグレイの話を聞かされる。失踪する直前のグレイの様子は、一年前に未来から来たローグがナツに語った、ある恐るべき内容を彷彿とさせるものだった。それを確認するため、ナツはルーシィを連れて剣咬の虎（セイバートゥース）へと急ぐ。同じ頃、心を黒く塗りつぶしてたグレイが微笑を浮かべているとも知らず･･･。

「浄化作戦」を計画している黒魔術教団（アヴァタール）。グレイの消息を追う中で、その本部を見つけたナツ、ルーシィ、ハッピーは、バルゴの力を借りて敵地への潜入を試みるものの、早々に教団幹部と一戦を交えることになってしまう。次々と襲い来る高位黒魔導士に一切ひるむことなく応戦するナツ。しかしそんな中、闇に染まったグレイが、冷徹な表情で彼らの前に姿を現わすのだった･･･。

死の集まるところにゼレフが現れると信じて、ひとつの街をまるまる生贄に捧げようと企てている黒魔術教団（アヴァタール）。グレイを通じ、水面下で動いていたエルザから真相を知らされたナツたちは、教団の悪行を止めるため、浄化作戦の決行地・マルバの街へ急行する。敵は数千にもおよぶ黒魔導士だが、心に光を宿した妖精たちが今、鉄槌を下す！

集結した妖精の尻尾（フェアリーテイル）の主力メンバーが、黒魔術教団（アヴァタール）を追い詰める。しかし神官アーロックは、「浄化作戦」を遂行すべく、人智を超える存在・ヤクマ十八闘神の一人、『イクサツナギ』を召喚する。仲間を軽んじるアーロックに怒り心頭のナツは、巨大な闘神を止めるべく立ち向かうのだった。

孤独な黒魔導士は夢を見た。それは今から約４００年も前の過去。最愛の家族を失った少年が、それを認められずに踏み出してはいけない領域に足をつけてしまう話。まわりの大人が止めるのを聞かずに禁断の研究を続けた彼は、やがてアンクセラム神の怒りに触れて矛盾の呪いをかけられてしまうのだった。

ルーシィの手紙を受け取り、約1年振りにマグノリアに集結した元・妖精の尻尾（フェアリーテイル）のメンバーたちは、ギルド復活を掲げ、倒壊した建物の再建を始める。一方で正式なギルドとして認めてもらうにはギルドマスターの存在が不可欠である。マカロフ不在のフェアリーテイルで誰がギルドをまとめるのか。七代目ギルドマスターとして選ばれたのは……。

１年前に「妖精の尻尾（フェアリーテイル）」のギルドが解散となった真相を知ったナツたち。エルザの指揮の下、六代目マスターのマカロフを助けるために、少数精鋭で西の大陸・アラキタシアへと向かう。その道中で諜報員と落ち合うため、カラコール島に立ち寄ろうとした一行だったが、そこには不穏な空気が漂っていたのだった。

ナツたちはアルバレス帝国軍の精鋭、ブランディッシュ・μの洗礼を受ける。島ひとつ消すほど強大な力を持つ彼女を前に、一行は戦慄する。マカロフ救出への道は閉ざされたかのように思えたが、そこで彼らに手を貸してきたのは、思いもよらぬ者だった。一方その頃、アルバレスの首都では、皇帝スプリガンが久々に帝国への帰還を果たしていた。