太一たちの冒険から３年後……。 　平和を取り戻したデジタルワールドに新たな敵が現れた。その名はデジモンカイザー！　デジタルワールドの征服と全デジモンの支配をたくらむカイザーにアグモンたちは必死に立ち向かうが、謎の力で進化を封じられて絶体絶命の危機を迎えてしまう。 　はたしてデジタルワールドは、このままカイザーの魔の手に落ちてしまうのだろうか？　カイザーの野望を打ち砕くため、今こそ新たなる「選ばれし子供たち」の戦いが始まる！！ 「これはゲームなんだよ。僕は遊び心のわからない無粋なヤツは大嫌いだ……消去してやる……！」

　デジタルワールドの危機を救い、現実世界に戻ってきた大輔たち。初勝利に興奮する大輔を横目に、デジタルワールドに行きそびれた京は不満をつのらせる。 　そして翌日。光子郎と空を案内役に、京は大輔や伊織と共についに念願のデジタルワールドを訪れることになった。初めての経験に遠足気分で浮かれる京。だがそんな京を待ち受けていたのは、デジモンカイザーとのいきなりの戦闘だった……。 　カイザーに敗れ、捕われの身となった大輔。大輔を置いて逃げることしかできなかった京を、デジタルワールドのあまりに過酷な現実が打ちのめす。はたして京は、戦いへの恐怖を乗り越えて大輔を救出することができるのだろうか？　新たな「選ばれし子供たち」に、初めての試練が訪れる……！！ 「昔ね、ミミちゃんって子がおんなじこと言ってた……戦いなんかイヤだって」

　大輔に続き、京と伊織もデジモンカイザーと戦う力を手に入れた。だがタケルとヒカリは……パートナーのパタモンとテイルモンの進化を暗黒デジバイスに封じられたまま、まともに戦うこともできない！ 　２人の無力さをあざ笑うように、パタモンとテイルモンを集中攻撃するカイザー。大輔たちに守られ逃げることしかできないタケルとヒカリの胸に、悔しさと失望がこみあげる。だがそんな２人が偶然逃げ込んだ洞窟の奥で見たのは、希望の紋章と光の紋章が刻まれた２つのデジタマだった……。 「私たちだったんだ……！　私たちのデジタマなんだよ、テイルモン！」

　デジモンカイザーの支配からデジモンたちを救うべく戦いを始めた大輔たち。だがそんな大輔たちの努力をあざ笑うかのように、カイザーは暗黒デジバイスとイービルリングの力で確実に領土を広げ続けていく。 　そしてまたひとつ、新たな町がカイザーの魔の手に落ちた。ダークタワーを背に不敵な笑みを浮かべて町を見下ろすカイザー。取り囲むカイザーの兵隊に、なすすべもなく従う町の住人たち。その中にはただひとりカイザーのスキを狙うヤマトのパートナー・ガブモンの姿があった。 　カイザーが町を離れたスキに、住民たちを連れて脱出を図るガブモン。だがそんなガブモンを待ち受けていたのは、レッドベジーモンの死の拷問だった！　はたしてガブモンの命がけのＳＯＳは大輔たちに、ヤマトに届くのだろうか？　そしてますます加速するカイザーの狂気の行方は、一体……！？ 「デジモンども。一匹残らず僕にひれ伏せ、僕にかしずけ、そして僕を崇めるんだ」

　凍てついた北の大地にムチの音が響く。巨大な牢獄を建設すべく、ギザモンたちを強制的に働かせるカイザー。その非道なやり方に反発したゴマモンを、カイザーの卑劣な攻撃が襲う！ 　ゴマモンの危機を感じ、実力テストを投げ出してパソコン部に駆けつける丈。そんな丈とは対照的に、デジタルワールドよりも剣道の練習を優先させる伊織……。 　はたして伊織は、丈の姿に何を感じるのだろうか？　今、氷の世界を舞台に熱い戦いが始まる……！！ 「選ばれし子供たちなんて言われてるけど、本当はさ、ぼくたちが選んでるだよね。何をするべきか、何をしたいか」

　今日はパソコン部のピクニック。お弁当持って、リュックを背負って、目的地は……え？　デジタルワールド！？ 　ゴールデンウィークを利用してデジタルワールドにピクニックに行くことになった子供たち。いつものメンバーにアメリカから帰国したばかりのミミも加えて気分はすっかり遠足モード。お弁当を広げて楽しい時間をすごすのだが、ひょんなことから事態は思わぬ方向に……。 　強敵？ゴキモンブラザーズの美しき兄弟愛！　対する京とミミも新コンビを結成！　今、デジタルワールドにピンクの嵐が吹き荒れる・・・・・・かも！？ 　 「ゴキモンのお兄さん、一緒に攻撃しましょう！」

　デジモンカイザーから機械都市・フルメタルシティを解放するべく戦う子供たち。だが敵の攻撃を受けて退却する途中で、爆風に巻き込まれたヒカリとテイルモンだけがデジタルワールドに取り残されてしまう！ 　迫り来るガードロモン軍団を相手にテイルモンと２人きりで苦しい戦いを強いられるヒカリ。ヒカリを守れなかった責任を感じて再びデジタルワールドに急ぐ大輔とタケル。だがやっとの思いで合流を果たしたヒカリたちの前に新たな敵が立ちはだかる！　それはイービルリングに支配されたかつての仲間・アンドロモンだった……。 　カイザーの命令のままにヒカリに襲いかかるアンドロモン！　イービルリングの魔力はかけがえのない記憶さえ奪い去ってしまうのだろうか？　フルメタルシティにヒカリの悲痛な叫びがこだまする……！！ 「アンドロモン！　私たちと一緒に戦ったこと、忘れちゃったの！」

　サッカークラブの試合でウワサの天才少年・一乗寺賢と対決することになった大輔。捨て身のスライディングで賢のシュートを防いだ大輔は、賢と握手をかわしておたがいの実力を認め合ったのだが……。 　試合後、死の谷「デスバレー」に突然現れたダークタワー。調査のために出動した大輔たちを待ち受けていたのは、デジモンカイザーの恐るべきワナだった！　仲間たちを人質に取られて抵抗できない大輔。そんな大輔を冷酷な笑みを浮かべてもてあそぶカイザー。その右足には、なぜか大輔が賢につけたのと同じ傷が……！？ 　ついにあきらかになるデジモンカイザーの正体！　今、デジタルワールドを新たな衝撃が駆け抜ける……！！ 「君は僕のプライドを傷つけた……、それぐらいの苦しみ、当然だよ……」

　ついにあきらかになったデジモンカイザーの正体。マスクの下から現れたその素顔は……天才少年・一乗寺賢！ 　カイザーの思いがけない正体にショックをかくせない大輔たち。だがそんな大輔たちをよそに賢は現実世界を捨て去り、ますますデジタルワールドへとのめり込んでいく！　そして賢はデジタルワールドのすべてを手に入れるための武力として、あるデジモンに狙いをつけた。そのデジモンとは……太一のアグモン！！ 　アグモンをメタルグレイモンに進化させるべく、イービルリングから暗黒の力を注ぎ込む賢。だが強力すぎる暗黒の力はアグモンを暴走させ、思わぬ事態を引き起こすことに……！？ 「もうこの世界に用はない……。さようなら虫けらどもよ」

　カイザーの暗黒の力がアグモンを暴走させ、スカルグレイモンに進化させた。破壊の限りを尽くして全ての力を使い果たしたアグモンは、ヒカリの叫びもむなしく再びカイザーによって連れ去られてしまう。 　敵の手に落ちたアグモン。まのあたりにした完全体の破壊力。突きつけられた厳しい現実が、子供たちの心を激しくゆさぶる！ 　子供たちと共にデジタルワールドに乗り込んだ太一は、はたしてその手でアグモンを救い出すことができるだろうか？　だがアグモンを自由に操るべく悪魔の研究を続けるカイザーは、ついに……！？ 「話しかけても無駄だよ。もう、お前のパートナーデジモンではない。僕のしもべだ」