今日も知らぬ間に誰かの夢を見ている。夢に現れた少女の影に見覚えがあるのだが、誰か分からないまま妹の音夢によって日常に引き戻されるのだった。いつもと変わらない日常。だが、アメリカから幼馴染の芳乃さくらが突然帰国したことから、止まっていた時が少しずつ動き始めた…

純一の部屋で、さくらと純一がキスをしていたのを目撃してしまった音夢。朝から裏音夢モードが発動中。必至に誤解を解こうとする純一の言葉にも全く耳を貸さない音夢に、純一も意地になってしまい、兄妹の間に冷たい空気が流れてしまう。2人は再び仲直りすることが出来るのだろうか…

お互い誤解も解け、上機嫌で学校にやって来た純一と音夢。校内に入ると、後輩の美春のクラスの前に人だかりが出来ていた。なんと美春が事故にあったという。その話を聞いた純一と音夢はショックを受ける。ところが純一と音夢の前に、何ひとつ傷を負っていない美春が現れる。彼女は、自分が美春そっくりに作られたロボットだということを、純一だけに打ち明ける…

風見学園全男子学生の憧れの的・白河ことり。彼女は、その容姿はもちろんの事だが、その上相手の気持ちが読めるような優しさが人気の秘密だ。 お昼時、ふとしたきっかけで、ことりと知り合った純一は、彼女の優しい気配りを身を持って実感する。だが、ことりは実際に人の心が読める力を持っていたのだ…

寝坊をしてしまった純一は、学校をサボって散歩に出かけていた。散歩の途中、公園で子供にいじめられている女の子を見つける。しかし、その女の子はネコミミメイドの格好をしていた。なりゆきで彼女を助けた純一に、彼女は自分には行く当てが無いので、朝倉家にいさせてくれとお願いする。頼まれると断れない純一は、そのメイド・鷺澤頼子を家に入れてあげるのだが…

初音島も夏真っ盛り!純一たち一行は初音島内のとある海岸へと出掛ける事になった。誰もいない海岸におおはしゃぎの面々、更に女の子たちは思い思いの水着を純一たちに披露するのであった。それを見ている純一たちは満面の笑みを浮かべているのだが、音夢にとっては非常に面白くない、いつまでたってもデレデレの純一に対してついに黙って一人その場を離れる音夢であったが…

いつものように屋上にて鍋パーティーを行っている水越姉妹。なんと今日の食材は鴨! だが、生きたまま連れてきたあげく、さばく直前に逃げられて、姉妹と純一は大慌てで捕獲するも、純一は暦先生に見つかってしまい、大目玉を食うはめに。そんな純一に対してお詫びをしたいと、萌は水越家のディナーに招待するのであった。放課後となり、水越姉妹の案内で水越家に来てみると、そこには大豪邸が。実は萌と眞子は初音島有数のお嬢様だったのだ…

総集編

ある朝、音夢へと届けられた、差出人不明の真っ赤なバラの花束と、謎のポエム。音夢は純一のいたずらかと思うのだが、実はそうでもないらしい。しかも通学時、学校でもそのポエムとバラの花束が、彼女宛にところどころ置いてあるのだった。音夢にストーカーがいるのではないかと考える純一だが…

風見学園の学園祭。それぞれが出し物に精を出して取り組んでいる。ことりにもミスコンに出場してもらうように交渉してくれと頼まれた純一は、嫌々ながら彼女の前に行ったものの、やっぱり声を掛けないことにしたのだった。ところが、ことりからは出場OKとの事。しかも、純一を声楽部のコンサートに招待したいというのだった…

二年前、枯れない桜が枯れてしまい、あの桃源郷のような情景がなくなってしまった初音島。柔らかな初夏の日差しを受けながら、惰眠をむさぼっていた純一は後輩天枷美春にたたき起こされ、そして風見学園では、親友水越眞子に弁当を作ってもらう毎日だった。必要以上に親切な彼女たちと、人が変わったようにはつらつとする純一。その光景は、一見当たり前のような日常であったが……。そんなある雨の日の夜、朝倉邸にフードを被った少女がやってきて――。

雨の日の夜、倒れるように転がり込んできた銀髪の美少女の名はアイシア。彼女は純一たちには読めない言葉が書かれている地図を頼りに、どこかを探しているらしい。お人よしの純一は、一緒にその場所を探してあげるのだが、それがなかなか見つからない。そしてようやく捜し当てた先とは……!?

アイシアは、ひょんなことから朝倉邸に住み込むことになった。メイド姿のアイシアは、純一に魔法を教えてもらうため、純一の身の回りの世話を一生懸命するのだった。しかし、男ひとり住む家に彼女をいさせるわけにはいかないと、眞子が自分の家に連れていってしまう。それをアイシアは、純一に与えられた試練と勘違いしてしまう。

理由はどうあれ、しばらく朝倉家に住みこむならば……と、純一は気をきかせてアイシアを風見学園に転校手続きさせることに。しかし、アイシアは風見学園で魔法を学ぶことができると思い込んでしまう。翌日、寝坊する純一をよそに、待ちきれなくなった彼女は単独で学園に向かってしまい……。

メイドとして毎日献身的に純一の身の回りの世話をするアイシア。それもこれも、すべては純一に魔法を教わるためである。だが純一にいくら教わろうとしても、和菓子を生み出す魔法しか見せてくれない。彼が大魔法使いであると信じて疑わないアイシアは、あの手この手で純一に魔法を使わせようとする。

登校時、下駄箱前にいた純一のところまで驚くほどの絶叫がこだました。声の主はなんと美春。絶叫の原因は下駄箱に一通の手紙が入っていたことだった。はじめは困惑していた美春だが、中身を読むとバナナに反応しなくなるぐらい幸せそうに呆けてしまう。純一たちはラブレターをもらったのかと美春をはやしたて…。

2年ぶりの再会で、幸せいっぱいのふたり……のはずだったが、朝倉家に住み込んでいるアイシアを見た音夢は逆上。たちまち大ゲンカとなり、結局音夢は美春の家で一晩過ごすことになってしまう。純一も怒ってはいたが、今日の男子身体測定を音夢がすることを杉並から聞くと、心配でいてもたってもいられなくなり……。

嵐の夜、外でサイレンが鳴り響き、純一は再びケンカして出ていった音夢を探しに雨の中に飛び出していく。しかし偶然そこで見たものは、保健医昭島の車の中で彼の肩にもたれかかっている音夢を目撃してしまうのだった。翌日、音夢は何事もなかったように帰ってくるが、怒り心頭の純一とのケンカはどんどんエスカレートしてしまう。

本当のことを知った、純一は音夢と仲直りをしようと必死になる。だが、音夢はアイシアのこと、そしてお婆ちゃんとの過去が原因でなかなか素直になれなかった。何度も純一は話かけるが、まったく相手にしてもらえない。そんなふたりの仲を元に戻したいと思うアイシアは、悩んでいるうちにひとりの少女と出会う。

食堂でトレイを手に配膳口で並ぶ純一たち。するとそこに巫女姿に変身した環が現れ、アイシアをかするように破魔矢を放つ。何事かと驚くアイシア……その後環の幸運の破魔矢に関する事を聞くと、今度は環の東洋の魔法(!?)に興味を持ち始め、弟子入りするため巫女部に入部することを決意する。

桜内義之は夢を見た。夢に出てきた人物が誰なのかはわからなかったが、詳しく知ろうとは思わない。なぜなら、義之には他人の夢を強制的に見させられるという能力があるからだ。いつものことだ、と思いながら目覚めた彼は、ゆっくりとベッドから体を起こす。だが、時計を見て危機感を覚え、慌てて登校準備を始めた。そんな彼の部屋へ入ってきたのは、隣の家に住む朝倉由夢。姉の朝倉音姫がすでに家を出ているため、代わりに、料理の腕がそこそこな義之に朝食を作ってほしいという。とはいえ、時間に余裕はない。そこで義之は仕方なく、自分の手から和菓子を出し、由夢に渡した。それもまた、彼に備わっている能力のひとつだった。

幼馴染みのクラスメイトから彼女へと変わった存在・小恋に対する接し方に、まだぎこちなさは残るものの、ともかく彼の新たな日常が始まった。昼休み、義之が先日学園長室で発見した謎の地下階段のことを、クラスメイトたちに話したときのこと。その情報に食いついた｢非公式新聞部｣の杉並に、無理やり学園長室に連れて行かれ、詳しく調査することになってしまう。やがて地下階段を降りた2人が目にしたものは、一人の少女が眠るカプセル。ところが義之は、偶然カプセルのスイッチを押してしまい、少女・天枷美夏を目覚めさせてしまう。

ある日の放課後、音楽室で歌う少女の声に引き込まれた義之は、その様子を覗いてみた。声の主は、可憐な容姿と明るい性格から学園のアイドルと呼ばれる白河ななか。するとそこへ、ななかとバンドを組む小恋と渉が練習をしにやってきた。聞けば先日、遅刻の多いギター担当を渉がクビにしてしまい、次のメンバーが見つからずにいるというのだ。そこで義之は、ちょうど趣味で弾いていたギターの腕を生かし、彼らのバンドを助けることに。

今日は体育祭。義之と小恋は、そこで思い出に残るような2人きりの時間をつくりたいと考えるが、そのチャンスはなかなか訪れない。義之、小恋、杏の出場する競技・三人四脚では、3人のタイミングが合わず転倒した拍子に、義之が小恋の胸に顔を埋める体勢になってしまうハプニングが発生。さらに昼食時には、義之と小恋が弁当を食べようとしているところに、いつもの仲間やななかに加え、音姫や由夢、美夏たちまでやってきて大所帯になるなど、2人きりどころかにぎやかになるばかり。

義之と付き合うことで、彼との距離を少しずつ近付けていく小恋。しかし彼女は、義之とさらに接近する機会……すなわちデートを、まだ一度もしたことがなかった。普段の授業や勉強はもちろん、義之が加入したことで勢いづいている、バンドの練習にも時間を割いているからだ。デートはしてみたいが時間がない。そんな小恋の悩みを聞いた杏、茜、ななかは、親友である彼女を助けようと決意。小恋が好きな映画のチケットを2枚渡し、ななかと渉の協力でバンドの練習も休みとして、当人たちに気付かれないよう休日のデートをセッティングするのだった。

ある日、義之は由夢から心配事を打ち明けられた。なんでも、美夏が学校のクラス内でまだ馴染めていないというのだ。それを聞いた彼は、自分がこれまで美夏の面倒をあまり見なかったため、学校に馴染ませることができなかったのだと感じ、改めて彼女の様子を探ることに。翌朝の登校中、不意に美夏とぶつかってしまった義之は、その拍子に彼女が落とした一冊のノートに気付く。ところが、義之が好奇心からノートの中身を見た途端、美夏が慌てて｢内緒にしてくれ｣と懇願してきた。

ななかは男子に人気があり、告白される機会も多い。だが、彼女はなぜかいつも告白を断っていた。ある日、サッカー部で特に女子の人気が高いという林の告白を断ったななかは、翌日から彼のファンである女子たちにあらぬ噂を立てられてしまう。それは、なんと｢ななかが林に思わせぶりな態度をとったにもかかわらず、自分から振った｣というものだった。そんな彼女を励ましたのは、やはり義之だった。彼の言葉を嬉しそうに受け止めたななかは、笑顔で放課後のバンド練習に打ち込んでいく。

義之のサポートのおかげで学校生活にすっかり馴染んだ美夏は、義之や彼の仲間たちとともに昼食をとり、さまざまな話もするようになった。そんな彼らの今日の話題は、間近に迫った修学旅行。その単語を初めて耳にする美夏だったが、期待に胸を膨らませながら楽しげに話す義之たちの様子を見て、興味をもちはじめる。そして彼女は、義之たちが今度の日曜日に行くという、旅行の準備のための買い物に同行を宣言するのだった。

いよいよ義之たちの修学旅行当日。目的地・奈良行きの列車の中で、義之と小恋は、思い出に残る旅行にしようと誓い合う。修学旅行なのだから、みんなで行動するのは当たり前。2人きりになれる時間が少ないことはわかっている。だが、それとは別に、彼は小恋の前で美夏の名前を出したり、渉や杉並たちとふざけあったりしている。そんな義之の態度に、小恋は表情を曇らせるが、杏や茜に後押しされ、自分から義之に声をかけることに。彼女は、最終日の午後に設けられた自由行動の時間を義之といっしょに過ごそうと、意を決して彼を誘うのだが……。

義之たちが修学旅行中、学園では美夏がロボットだという噂でもちきりだった。｢ロボットが学校にいるなんておかしい｣と、美夏に冷たい眼差しを向ける者、｢これがロボットなのか｣と、面白半分に彼女に近づいて調べようとする者。そんな学生たちから、由夢は美夏を懸命にかばうも、｢彼女はロボットではない｣と否定することはできない。また、同じく義之から事情を聞いていた音姫も、休み時間のたびに起こる、美夏の件での小競り合いを収拾するべく、何度も校内を走り回っていた。しかし、激務が続き疲労が溜まった音姫は、ついに倒れてしまう。

初音島に寒さが訪れた12月のある朝、眠りからなかなか覚めずにいた義之は、耳元で音姫と由夢がささやく声を聞く。それに気付き、義之がぼんやりと目を開けると……なんと2人も義之のベッドにいた。聞けばいつも3人で一緒に寝ているというのだが、義之には覚えがない。状況を把握できていない彼に対し、音姫と由夢は｢お仕置き｣と称して、かわいらしい唇を近づけていく……。

各クラスでクリスマスパーティーの準備が盛んな中、人形劇で使用する大道具の製作に取りかかる義之たち。 一方、杏はシナリオの終盤を修正するべきかどうかで頭を悩ませていた。ただのハッピーエンドは安直ではないかと心配していたのだ。そんな彼女に対し、義之は｢杏の好きなように書くのが一番｣と助言。その言葉に励まされた杏は、新たなシナリオを書き上げる。ところが、シナリオのことで悩み寝不足だった上に徹夜を続けていたため、彼女はついに高熱を出して倒れてしまう。

ある日の昼休み、義之は音姫に誘われ、生徒会室で昼食をとっていた。これまで、毎晩のように彼の家で人形劇の練習に付き合っていた音姫は、今日も練習にやる気を見せている。だが義之は、家でも学校でも練習続きのため気乗りしない様子だった。そこで彼女は、気分を変えるため自分の部屋で練習しようと提案。 義之は久しぶりに朝倉家を訪れるいい機会だと考え、その誘いを承諾した。

ついにクリスマスパーティー当日。人形劇のほかに予定が決まっていなかった義之は、由夢とともに学校へ向かう途中、彼女に｢一緒に校内の出し物を見て回ろう｣と誘う。由夢は密かに彼と行くことを望んでいたため、その嬉しさを悟られないよう誘いを受けるのだった。そして学校到着後、クラスで人形劇の通し稽古を終えた義之は由夢のクラスに出向き、彼女と2人でパーティーを楽しむ。 幸せそうな表情を浮かべながら、義之と腕を組みながら歩く由夢はまるで恋人のようだった。

3日間続いたクリスマスパーティーも終わり、義之たちは初音島を離れ仲間内でスキー旅行に出かけた。やがてゲレンデに到着した彼らは、初音島では見られない降り積もった雪に歓喜の声を上げる。早速滑ろうとする義之だったが、由夢がいないことに気付き音姫に尋ねた。なんでも彼女は、長距離の移動で疲れたため休んでいるという。経験者の義之と音姫は最初から華麗な滑りを見せ、初心者である雪月花の3人はななかに指導を受ける。そして渉は転びまくり、その傍を杉並がエッジをきかせて滑り降りるのだった。

初音島全域で、原因不明の火事や事故などが起きるようになった。義之は、そのことに妙な胸騒ぎを覚えた音姫とともに原因を突き止めようと、冬休みを利用して図書館で詳しく調べることに。だが結局判明したことは、事件は毎日のように多発しているにも関わらず、まだ死者が一人も出ていないことだけ。ますます事件の関連性が気になった義之は、不思議な現象の調査を得意とする杉並に協力をあおぎ、彼の自慢の情報網・非公式新聞部の資料を借りて目を通した。初音島における過去半世紀以上に渡る数々の出来事が収められた極秘資料。そこには事件ではなく不思議な噂がまとめられていたが、それらはすべて50年前に集中していた。

大晦日の夜、芳乃家で忘年会が行われた。義之、音姫、由夢、さくらの4人で食卓を囲み、御馳走の数々を堪能する。会話は弾み団欒の時は続くも、突然、甘酒で酔った音姫と由夢が義之に絡みだしてしまう。ろれつの回らなくなった調子で急に笑いだす音姫、義之に何かと文句をつける由夢。普段の真面目な姿から変貌した2人に義之はウンザリ。こうして、芳乃家の大騒ぎの夜は更けていくのだった。

音姫は原因不明の事故を調査するうち、｢現場で必ず金髪の少女を見かける｣という事実を知る。それを確かめようと、事故が起こった直後の場所に出向いた彼女は、そこでさくらの姿を目撃。やがて、枯れない桜の木の下で、彼女本人に真相を問い詰めた音姫は衝撃の真相を打ち明けられる。

音姫が、決意の表情を見せるさくらと別れた翌日。彼女が突然いなくなったことを不思議に思う義之や由夢に対し、音姫は何も返すことができなかった。枯れない桜の異常を止めるために、さくらが自身を桜に取り込ませたという事実を、彼らに知られるわけにはいかないのだ。2人に何とか笑顔を見せようとする音姫だったが、その日の登校中、彼女の表情は一気に曇ってしまう。なんと、さくらが決死の覚悟を見せたにもかかわらず、また新たな事故が発生したのだ。

音姫のことを案じているうちに眠ってしまった義之は、朝、家の前で彼女が別れを告げる声を聞いて、慌てて飛び起き外に出た義之だったが、すでに遅く、音姫の姿は見えなかった。しかも先に登校したのかと思いきや、彼女は欠席扱いになっていた。義之は、いてもたってもいられず登校と同時に早退し、理由を知らせず姿を消した音姫の行方を追うことに。

風見学園公式新聞部は、非公式新聞部に知名度、発行部数共に上回られていた。 その現状を打破するため、部長である立夏の提案で卒業パーティの特集号では“魔法”を扱うことに。 初音島で魔法と言えば、その昔一年中咲いていたという“桜”。 立夏、シャルル、姫乃、さら、葵、そして清隆の６人は、早速桜の巨木を調べることにする…。

20年ぶりに咲いた初音島の“枯れない桜”。 清隆たち風見学園公式新聞部は、卒業パーティ号の特集、 そして「どちらが面白く記事にできるか？」という非公式新聞部からの宣戦布告を受け、 早速桜の謎を追うことに。清隆、姫乃、さら、葵の４人は、街での聞き込みを開始。 いろいろと情報は集まったが、家の鍵を無くしてしまった葵の手助けをしたこともあり、 清隆の帰宅は夜になってしまう。 だが、その日はシャルルに夕食を作る約束をしていた……。

桜が咲き誇り、多くの人で賑わう休日の桜公園。 聞き込みを続けていた清隆は、高台でひとりの少女と出会う。 後日、図書室で過去の文献を調べることにした清隆は、 桜が枯れる直前に起こった原因不明の事故や事件などの記事を見つける。 そして、そこには事件現場で目撃される謎の少女がいたことも記されていた。 生きていれば30歳ぐらいになっているはずだが……。 どこか引っかかる部分があり、「謎の少女」のことも含め、聞き込みを続けることにする。

放課後部室に集まった風見学園公式新聞部の面々は、お互いに集めた情報を報告していた。 “枯れない桜”が咲いていた２度の時期に、不思議な現象や事件が多発していた 、 また桜に関して詳しかった人物が前学園長であり、 偶然にも名前が“芳乃さくら”ということが判明する。 姫乃から学園史を手渡された清隆は、そこに掲載されていた“芳乃さくら”の写真を見て、 先日出合った不思議な少女“さくら”のことが頭をよぎる。

体育の授業後、当番のためひとりで片付けをしているさらを見つけた清隆は、手伝いを買って出る。 一緒に体育倉庫内まで来たところ、中に誰もいないと思った教師に外から鍵を掛けられてしまう。 途方にくれる２人だったが、さらに緊急事態が!! ……なんとか危機を脱した２人は、放課後ソフトボール部に顔を出す。 部活後、誰もいなくなったグラウンドでひとりボール拾いをしていると、 「お兄ちゃんっ！」と声をかけられ、振り向いた先にいたのは……。

昼食の準備で生徒たちが賑わう中、清隆は立夏に 「お昼を食べながら打ち合わせをしよう」と誘われる。 しかも立夏の手作りサンドイッチ付き。 他の男子生徒から羨望の眼差しを受けつつ部室に向かうのだが……。 放課後、公式新聞部全員揃っての会議中に「“枯れない桜”の謎に関係があるか分からないが、 桜が咲き始めてからよく会うようになった女の子がいる」と告げる。 さらにその女の子はまだ子供だと聞くと、「そんな趣味が!?」と全員に衝撃が走る。

前学園長芳乃さくらの写真を見つめる公式新聞部の面々。 清隆曰く、最近よく出会うようになった少女“さくら”と前学園長が似ているというのだが……。 結局は年齢的なことを考えると偶然なのではないか？ という結論落ち着く。 そんな中清隆はいつも元気な葵がまったく会話に参加していないことに気付く。 自分の額を葵のおでこにくっ付けると、すごい熱が！ 無理はしないように諭し、一人暮らしをしている葵の部屋までおぶって送り届けることにする。。

夕飯の買い物を終えた清隆は商店街の福引会場にいた。 ガラガラと抽選器を回すと、なんと３等の「さくらパーク・温水プールの招待券」が当選！ と、そこに、さくらが駆け寄ってくる。 後日、園内には水着姿の清隆とさくらの姿があった。 「早く遊ぼうよー」と走り出す少女を見ながら、微笑む清隆だったが、 その後ろから「兄さん…」という声が。 振り返るとそこには水着姿の姫乃が立っており、 同じく水着を着たシャルルや立夏、葵やさらたちも現れたのだった。

生徒会役員室で親友の耕助と共に手首を縛られ、 絵里や巴、四季、立夏、シャルルなどに囲まれる清隆。 何故こんなことになったのかはイマイチ分からなかったが、 巴たちには、非公式新聞部の杉並と何かを企んでいるのでは？ と勘違いされているようだった。 と、そこに眩い光が！ 杉並の奇策（？）により助けられた清隆は、彼から謎のカプセルを渡される。 そして帰宅途中、明らかに待ち伏せしていた絵里に「偶然ね」と声を掛けられるのだが……。

杉並に教えられた天枷探偵事務所の扉を開くと、 そこには赤いマフラーをなびかせた所長の天枷美夏が立っていた。 自分はロボットだと自己紹介する美夏、そしてアシスタントの小日向ゆず、小鳥遊夕陽の ３人を前に、清隆は杉並からの紹介であることを告げる。 すると美夏は、調査依頼が枯れない桜であることを見抜き、 そして正真正銘の“魔法の桜”だときっぱりと言い切る。 唖然とする清隆だったが、その後語られる美夏の説得力ある証言は聞き逃せないものだった。