進学率・就職率１００％と言われる進学校・東京都高度育成高等学校に入学した綾小路清隆。しかし彼が所属する１年Ｄクラスは、進学校とは思えないような問題児ばかりだった。さらに学校は、生徒に現金と同価値のポイントを月１０万円分も与え、授業に関しては私語・居眠り・サボタージュをも黙認する放任主義。自堕落な生活を送る生徒たちだったが、違和感を抱く者もいた——他人との交流を徹底的に避け、孤独を貫く美少女・堀北鈴音だ。彼女は、生徒に大金が与えられているはずなのに、校内に『お金を持たない者への救済』が多く用意されていることに気づく。やがて１ヶ月後、綾小路、堀北、Ｄクラスの面々は学校のシステムの真実を知る……。

ＡからＤの各クラスは生徒の能力によって分けられ、Ｄクラスは『不良品』と呼ばれる生徒が集まる落ちこぼれクラスだった。彼らは入学後１ヶ月間の自堕落な生活のため、学校からの評価を徹底的に落とし、毎月もらえるはずの１０万円分のポイントをすべて帳消しにされる。極貧生活を強いられ、さらに今後試験で赤点を取れば即退学という厳しいルールを告げられ、大騒ぎに陥るＤクラス。そんな中、自分がＤクラス配属であることに納得できない堀北は、ＤクラスをＡクラスへ昇格させることを目指す。成り行きから彼女を手伝うことになる綾小路。最初の課題は、間もなく行われる中間試験を、赤点者を一切出さずに乗り切ることだった。

成績の悪い生徒たちが多かったにも関わらず、Ｄクラスは学校側の予想に反し、高得点を叩き出して中間試験を終えた。その試験結果の裏には、堀北たちの必死の努力、そして綾小路の暗躍があった。しかし成績面を最も不安視された須藤が、たった１点だけ及ばず赤点となってしまう。「須藤健、お前は退学だ」——冷徹に言い渡す担任教師・茶柱。既に採点も終わり、決着がついてしまった中間試験の結果を覆すため、綾小路が繰り出した最後の一手とは……？　そして中間試験の騒がしいゴタゴタの中で、綾小路はクラスのアイドル的存在である櫛田桔梗の知られざる一面を、目の当たりにしてしまうのだった。

中間試験を終え、わずかながらもポイントを得たＤクラス。極貧生活を抜け出せることを喜ぶクラスの面々だが、また新たな問題が発生する。須藤がＣクラスの生徒に対し、暴行事件を起こしたというのだ。彼は正当防衛を主張するが、生徒会立ち会いの下で審議が行われることになり、結果次第でＤクラスはポイントを剥奪されてしまう。正当防衛の証拠探しに奔走する綾小路やＤクラスの面々。綾小路はとあるきっかけから、Ｂクラスのリーダーである少女・一之瀬帆波と協力関係を結ぶ。一之瀬はこの暴行事件の裏に、Ｃクラスの統率者・龍園翔の暗躍があると推測。事件はＤクラスとＣクラスの代理戦争の様相を呈していく。

事件の目撃者と思われるＤクラスの生徒・佐倉愛里。彼女だけが須藤の正当防衛を裏付けられるが、佐倉はなぜか審議で証言することを拒否する。他人と友好関係を築くことにおいて右に出る者がいない櫛田でも、佐倉の閉じた心を開くことができない。結局、彼女の協力を取り付けることができないまま、審議当日を迎えてしまう綾小路たち。ＤクラスとＣクラスが争う審議に立ち会うのは、生徒会長であり堀北鈴音の兄でもある堀北学。須藤の弁護役である堀北は、学の存在に萎縮し、まったく話すことができなくなってしまう。審議はＣクラス側の有利に進み、追い込まれていくＤクラス。その時、綾小路の手が堀北の脇腹に迫り……!?

勇気を出して佐倉が証言してくれたため、ＣクラスとＤクラスの審議は五分に持ち込まれ、後日に再審議が行われることとなった。しかし、佐倉の証言がＤクラスにとって最後の切り札だったため、ここからさらに審議を優勢に傾けるためには、別の手がかりが必要となる。暴行事件が起こった現場を再び調査していく綾小路と堀北。折りふし、佐倉の周囲には怪しい人物の影がチラついていた。佐倉愛里のもう一つの顔＝グラビアアイドル『雫』の熱狂的ファンである男が、校内に入り込み、彼女をストーキングしていたのだ。暴行事件の審議と、佐倉に迫るストーカーの魔手。２つの事件が錯綜する中、綾小路と堀北は起死回生の一手を打つ！

波乱の１学期が終わり、学校は夏休みに入っていた。友人など一切不要と言い、孤独を貫く少女・堀北鈴音は、夏休み中も誰とも会うことなく、読書と勉強だけの日々を送っている。そんなある日、綾小路から「Ｄクラスの男女合同でプールに行こう」と誘いの電話が入った。普段であれば断るのだが、『とある事情』により誘いに乗る堀北。一方その頃、Ｄクラスの池を中心とした男子たちは、何やら怪しい計画を立てていた。そしてプール当日、Ｂクラスの一之瀬たちとも合流し、ビーチバレーなどのレジャーを楽しむ面々。その中で暗躍するＤクラス男子たちだが、プールには坂柳と龍園といった他クラスのリーダーたちも訪れていて……？

１年生夏休みの学校行事として行われる南の島でのバカンス。島への渡航にも超豪華客船が使われ、船内ではレストランの料理も各種レジャー施設もすべて無料で堪能できる。１学期には赤点即退学という厳しいルールや、現金代わりのポイントが０という極貧生活を強いられてきたＤクラス生徒たちは、気を緩めてバカンスを楽しんでいた。そんな彼らを冷淡な視線で見つめるＡクラスの葛󠄁城康平。彼は坂柳有栖とＡクラス生徒の支持を二分する男であり、坂柳が体調不良で行事を欠席している今、Ａクラスは葛󠄁城の統率下にある。一方、Ｃクラスでは独裁を敷く龍園に反発する少女・伊吹による喧嘩騒動が起こり、バカンスも一騒ぎありそうで……？

バカンスと思われた南の島への旅行だが、その実は学校が定めた特別試験だった。生徒たちは１週間、決められたルール下で無人島生活を行うことになる。主なルールは、『各クラスに３００ポイントが与えられ、そのポイントで物品を購入できる』、『島内の特定スポットを占有することでポイントを得られる』、『各クラスでリーダーを決め、他クラスのリーダーを当てればポイントが与えられる』など……。この試験の成績次第で、各クラスが保有するクラスポイントは大きく増減する。Ａ〜Ｃクラスは試験内容を理解すると同時に、迅速に動き始めた。だがＤクラスの生徒たちは慣れない無人島生活に困惑し、行動方針も決まらず険悪な空気が漂い出す。

特別試験の初日が終了した。やっとＤクラスの生徒たちは一つにまとまり、協力して無人島生活を続けられる態勢になる。そんな中、綾小路と堀北は他クラスがどのように試験に臨んでいるか調査し始める。高い団結力を活かし、ポイントを有効に節約しながら、無人島生活を楽しんでいる一之瀬たちＢクラス。洞窟をベースキャンプに定め、その内部を決して見せようとしない葛城たちＡクラス。だが、最も理解に苦しむ行動をしているのは龍園率いるＣクラスだった。龍園は、試験に勝つためポイントを節約しようと努力する他クラスの生徒たちを嘲笑い、すべてのポイントを一気に浪費して豪遊していた。堀北はその行為を自滅と批判するが……？

無人島での試験を終え、綾小路清隆たち1年Dクラスのメンバーは豪華客船で夏休みを堪能していた。ところが休息も束の間、新たな特別試験が。軽井沢恵らと同じ部屋に呼び出され説明を受ける綾小路。今度の試験はクラスの枠を超えたものだった。

「シンキング」試験の1日目が終了。膠着した状況を打破するために、綾小路は平田たちと話し合いをしていたそのとき、携帯に一通のメールが届く。その内容に苛立ちを募らせる堀北。一方、綾小路は軽井沢の行動に違和感を覚え、堀北に彼女の情報を求めるが…。

Cクラスの真鍋たちに詰め寄られ、取り乱す軽井沢。綾小路はその様子を冷静に観察しようとするが、我慢できなくなった幸村が軽井沢たちの前に飛び出してしまう。綾小路は異常な怯え方をする軽井沢を見て、何かを思いついた様子で……。

2学期を迎え、体育祭の準備期間が始まる。競技の結果は良くも悪くも次の筆記試験に影響するため、生徒たちは動揺を隠せない。さらに独特のチーム分け、生徒に委ねられた出場者の選出など、生徒たちにのしかかるプレッシャーも大きく……。

櫛田に疑念を向ける綾小路。他クラスの偵察という名目で堀北と櫛田を引き合わせる。そこで堀北は予想外の行動を見せる。体育祭当日、堀北や須藤の活躍もあり赤組は幸先のよいスタートを切るが、綾小路は結果に冷ややかな表情を向けていた。

Dクラスの生徒たちと衝突し、怒りのままに体育祭を抜け出した須藤。そんな彼を追いかけたのは、堀北だった。須藤を呼び止め話し合いの場を設けた堀北は、須藤からの反発を受けながらも、辛抱強く彼に向き合おうとする。

生徒会長の引き継ぎ式が終わり、綾小路は佐藤から突然の呼び出しを受ける。そんな中、中間テストの試験結果が発表され、Dクラスは退学者ゼロを達成する。だが茶柱曰く、本番は期末テストとして行われる特別試験、通称「ペーパーシャッフル」にあるという。

ペーパーシャッフル対策の勉強会が開かれ、幸村を中心としたグループに参加することになった綾小路。同グループの長谷部・三宅ペアは得意科目も苦手科目もまったく同じであり、問題によっては簡単に共倒れしてしまう。だが、綾小路は試験問題の傾向を探る方法があると言い……。

ペーパーシャッフルの裏で、堀北と櫛田の退学を賭けた勝負が始まった。片や勉強会に参加する綾小路の前に、龍園が現れる。龍園から送られたメールについてふっかけられるが……。

クリスマスを前にして、浮き足立つ生徒たち。軽井沢もその一人で、街中のクリスマスの雰囲気を楽しんでいた。だが、佐藤と一緒に放課後を過ごしていると、Cクラスの生徒に尾行されていることに気づく。さらに、綾小路も勉強会中に誰かに見張られていて……。

3学期を迎え、DクラスからCクラスへと昇格した綾小路たちは、全学年合同で行われる特別試験「混合合宿」へと向かっていた。今まで敵同士だった別のクラスとグループを組む特別試験で、不仲は必至。だが、ボーダーラインを下回ると退学者が出るというルールで……。

協力せず何かと反発する石崎や、自由に振る舞う高円寺がいる綾小路たちのグループ責任者・幸村は上手くグループをまとめられず、険悪なムードが続いていた。一方、綾小路は独自にある生徒から情報を得ようと行動を始める。そんな中、Aクラス・橋本の話をきっかけにグループに変化が生まれて――。

軽井沢と平田が別れたらしい――Cクラスがその話題で持ちきりになる中、山内がAクラスの坂柳から呼び出しを受ける。有頂天になる山内は、堀北の「罠だ」という言葉にも耳を貸すことはなかった。一方、綾小路は堀北から一之瀬の周辺に妙な噂が流れていると聞く。

バレンタインデー当日。Cクラスの男子たちは、チョコレートを貰えるかどうかで盛り上がっていた。そんな中、綾小路から呼び出されたことに落ち着かない様子の軽井沢だったが、待ち合わせ場所で綾小路と話している最中、予想外の人物が現れて……。

掲示板に噂を流したのは、坂柳に命令された橋本――。石崎や伊吹はそう信じるが証拠はなく、深く追及をすることは出来なかった。そして、坂柳を筆頭にAクラスがBクラスに乗り込んだという話が綾小路たちに届く。一之瀬の噂に関する証拠を握っていると告げる坂柳に対し、これまで噂に対して消極的だった一之瀬は……。

学年末試験に全員合格したCクラス。安堵の空気が教室に流れる中、茶柱から急遽、追加の特別試験『クラス内投票』の実施を告げられる。試験の内容は、自分のクラスメイトの中から「賞賛に値する3名」と「批判に値する3名」を選んで投票し、首位と最下位を決めるというシンプルなものだが……。

『クラス内投票』が発表され、疑心暗鬼になったCクラス内は不穏な雰囲気に包まれていた。そんな折りに、綾小路は2年Aクラスの朝比奈から一之瀬が南雲生徒会長に協力を依頼したという話を聞かされる。その後綾小路は、クラスを心配する平田からも全員を助ける方法について相談を持ちかけられる。

兄の学との対話を経て、特別試験で退学にすべき人物として山内の名を上げた堀北。山内はこれまでクラスへの貢献度が低いだけでなく、綾小路を退学にするために批判票を集めていたのだ。しかも、その裏にはAクラスのリーダー・坂柳の存在があった。だが、退学者を認められない平田が反対し、状況は混迷を極める。

『クラス内投票』の結果、Cクラスから初の退学者が出た。坂柳はこの特別試験が綾小路を退学させるために用意された舞台装置だと語る。そんな中、綾小路と坂柳の前に、理事長代理を名乗る月城が姿を見せる。月城は綾小路の父によって送り込まれた人物だった。その存在を知り、綾小路は坂柳に次の試験での勝負を持ちかける。

特別試験に向けて、さまざまな対策を考えるCクラス。しかし、どれも決め手に欠けるものばかり。堀北が考えたプランを綾小路は評価する一方で、『クラス内投票』の結果を引きずる平田は、一向にクラスに協力しようとしなかった。心配するみーちゃんにも冷たく振る舞う平田に、綾小路は声をかける。

Ayanokoji and Horikita's quest for a partner for Sudo brings them to a first-year with unusual demands.

Class 2-D continues its negotiations with Class 1-D as the state of the field becomes more clear.

Negotiations with Hosen come to a head with little time left before the end of the special test.